Alteromonadaceae colwelliaceae moritellaceae pseudoalteromonadaceae shewanellaceae

Au sein de la classe des "Gammaproteobacteria" (division ou phylum des "Proteobacteria"), il existe un groupe de bactéries, quantitativement important, constitué de bacilles à Gram négatif, hétérotrophes et ayant pour habitat l'environnement marin. Ce groupe, parfois qualifié de "groupe des bactéries apparentées aux Alteromonas sp." (Alteromonas-like bacteria), rassemble les genres Alteromonas, Colwellia, Ferrimonas, Glaciecola, Idiomarina, Moritella, Pseudoalteromonas, Psychromonas, Shewanella et Thalassomonas. En 2001, l'étude des ARNr 16S avait conduit Ivanova et Mikhailov à rassembler les genres Alteromonas, Colwellia, Idiomarina et Pseudoalteromonas au sein de la famille des Alteromonadaceae. En effet, les ARNr 16S des souches types des espèces types de ces quatre genres présentaient au moins 90 p. cent d'homologie. En se basant sur l'étude des séquences des ARNr 16S, sur la présence de séquences signatures* et sur les résultats d'études antérieures, Ivanova et al. 2004 restreignent la famille des Alteromonadaceae aux genres Alteromonas et Glaciecola et ces auteurs proposent la création de sept nouvelles familles (Colwelliaceae, Ferrimonadaceae, Idiomarinaceae, Moritellaceae, Pseudoalteromonadaceae, Psychromonadaceae et Shewanellaceae) dont les nomenclatures ont été validement publiées le 20 septembre 2004. La famille des Ferrimonadaceae (genre Ferrimonas), la famille des Idiomarinaceae (genre Idiomarina) et la famille des Psychromonadaceae (genre Psychromonas) présentent peu d'intérêt en biologie vétérinaire et elles ne seront pas étudiées dans ce fichier. Famille des Alteromonadaceae Définition de la famille La famille des Alteromonadaceae Ivanova and Mikhailov 2001 emend. Ivanova et al. 2004 est constituée de bacilles à Gram négatif, mobiles, non sporulés, chimio-organotrophes, halophiles, utilisant l'oxygène comme accepteur d'électrons, ne réduisant généralement pas les nitrates, aérobies ou aéro-anaérobies, donnant une réponse négative au test ADH, isolés de l'environnement marin et d'animaux invertébrés. Cette famille rassemble les genres Alteromonas et Glaciecola. Les espèces du genre Alteromonas sont non pigmentées, elles cultivent à 37 °C et elles ne cultivent pas à 4 °C, ce qui les distinguent des Glaciecola sp. Genre Alteromonas Le genre Alteromonas a été proposé pour des bactéries, aérobies, phénotypiquement proches des Pseudomonas sp., mais se distinguant des espèces du genre Pseudomonas par un G + C p. cent moins élevé. En 1980, ce genre ainsi que les espèces Alteromonas aurantia, Alteromonas citrea, Alteromonas communis, Alteromonas espejiana, Alteromonas haloplanktis, Alteromonas macleodii, Alteromonas rubra, Alteromonas undina et Alteromonas vaga ont été retenus dans les Approved Lists of Bacterial Names. Depuis la parution des Approved Lists, ce genre a subi de nombreux changements : . Le genre Alteromonas s'est enrichi de 15 nouvelles espèces : Alteromonas atlantica, Alteromonas carrageenovora, Alteromonas colwelliana, Alteromonas denitrificans, Alteromonas distincta, Alteromonas elyakovii, Alteromonas fuliginea, Alteromonas hanedai, Alteromonas litorea, Alteromonas luteoviolacea, Alteromonas marina, Alteromonas nigrifaciens, Alteromonas putrefaciens, Alteromonas stellipolaris et Alteromonas tetraodonis. . Dès 1983, des hybridations ADN - ARNr avaient montré que ce genre était hétérogène et les espèces Alteromonas communis et Alteromonas vaga ont été transférées dans le genre Marinomonas validement publié en 1984 par inscription sur la liste de validation n° 13. . En 1985, l'étude des séquences des ARNr 5S permet à MacDonell et Colwell de reclasser les espèces Alteromonas hanedai et Alteromonas putrefaciens dans le genre Shewanella dont la nomenclature sera validement publiée en 1986 par inscription sur la liste de validation n° 20. En 1989, Coyne et al., sur la base des résultats d'études génotypiques (homologies ADN - ADN, séquence de l'ARNr 5S) et phénotypiques (sérologie) transfèrent l'espèce Alteromonas colwelliana dans le genre Shewanella et la nouvelle combinaison, Shewanella colwelliana, sera citée sur la liste de validation n° 34. . En 1995, en se basant sur l'analyse des séquences des ARNr 16S, Gauthier et al. répartissent les Alteromonas sp. en deux genres, le genre Alteromonas réduit à son espèce type (Alteromonas macleodii) et le genre Pseudoalteromonas rassemblant toutes les autres espèces, à l'exception de Alteromonas distincta, Alteromonas elyakovii, Alteromonas fuliginea, Alteromonas litorea, Alteromonas marina et Alteromonas stellipolaris. Ces six dernières espèces ont été décrites après 1995 (Alteromonas elyakovii, Alteromonas litorea, Alteromonas marina, Alteromonas stellipolaris) ou étaient de description trop récente (Alteromonas distincta et Alteromonas fuliginea) pour pouvoir être incluses dans l'étude de Gauthier et al. Ces auteurs placent également dans le genre Pseudoalteromonas une espèce préalablement décrite sous le nom de "Flavobacterium piscicida" ou de "Pseudomonas piscicida" (voir le fichier Pseudoalteromonas piscicida) et ils divisent Pseudoalteromonas haloplanktis en deux sous-espèces, Pseudoalteromonas haloplanktis subsp. haloplanktis et Pseudoalteromonas haloplanktis subsp. tetraodonis. En 2001, Ivanova et al., au vu des résultats d'hybridations ADN - ADN, abolissent la division de Pseudoalteromonas haloplanktis en deux sous-espèces et ces auteurs élèvent Pseudoalteromonas haloplanktis subsp. tetraodonis au rang d'espèce, Pseudoalteromonas tetraodonis. Ultérieurement, les espèces Alteromonas distincta et Alteromonas elyakovii ont été transférées dans le genre Pseudoalteromonas. Quant à l'espèce Alteromonas fuliginea, Ivanova et al. ont montré qu'elle était en fait identique à Pseudoalteromonas citrea (Alteromonas fuliginea est un synonyme hétérotypique et ultérieur de Pseudoalteromonas citrea). Si un auteur accepte tous les changements proposés, à la date du 06 décembre 2004, le genre Alteromonas ne comprend que quatre espèces, Alteromonas litorea, Alteromonas macleodii, Alteromonas marina et Alteromonas stellipolaris. Genre Glaciecola Le genre Glaciecola a été créé pour des bactéries phylogénétiquement apparentées à Alteromonas macleodii, pigmentées, psychrophiles, modérément halophiles, chimio-organotrophes, aérobies et isolées de la glace de l'antarctique. Aux deux espèces initialement placées dans ce genre (Glaciecola pallidula et Glaciecola punicea) se sont ajoutées les espèces Glaciecola mesophila et Glaciecola polaris. Glaciecola mesophila a été isolée d'invertébrés marins (Halocynthia aurantium et Plocamia sp.) collectés dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon). Cette espèce est phylogénétiquement apparentée aux autres représentants du genre Glaciecola, mais elle s'en distingue par deux caractères originaux : absence de croissance à 4 ou à 5 °C et capacité à réduire les nitrates en nitrites. * : Séquences signatures Les séquences signatures sont constituées d'une séquence de nucléotides de l'ARNr 16S, présente chez tous les représentants d'un taxon et absente chez les autres taxons. Retour

Définition de la famille La famille des Colwelliaceae est constituée de bacilles à Gram négatif, de forme incurvée, mobiles ou immobiles, non sporulés, halophiles, chimio-organotrophes, aérobies ou aéro-anaérobies, isolés de l'eau de mer et d'invertébrés marins. La famille des Colwelliaceae inclut les genres Colwellia et Thalassomonas. Contrairement aux espèces du genre Thalassomonas, les Colwellia sp. cultivent à 4 °C, mais pas à 37 °C. Genre Colwellia Le genre Colwellia (Colwellia hadaliensis et Colwellia psychrerythraea) a été proposé pour des bactéries aéro-anaérobies, psychrophiles et parfois barophiles. Ultérieurement, six autres espèces ont été incluses dans ce genre dont l'une, Colwellia psychrotophica, n'est pas vraiment psychrophile car elle est capable de croître à 25 °C en milieu liquide. Les Colwellia sp. diffèrent des Thalassomonas sp. par leur type respiratoire et par le profil de leurs acides gras. Genre Thalassomonas Voir le fichier Thalassomonas. Famille des Moritellaceae Définition de la famille La famille des Moritellaceae est réduite à son genre type, le genre Moritella. Elle regroupe des bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés, non sporulés, mobiles, chimio-organotrophes, halophiles, aéro-anaérobies, ne réduisant généralement pas les nitrates en nitrites, ne synthétisant pas d'arginine di-hydrolase, isolés de l'eau de mer, de sédiments et de poissons. Genre Moritella Voir le fichier Moritella.

La famille des Pseudoalteromonadaceae est constituée de bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à un ou plusieurs flagelles polaires généralement entourés d'une gaine (mais quelques espèces ont une ciliature amphitriche ou présentent des flagelles latéraux), parfois capsulés, chimio-organotrophes, halophiles, aérobies ou aéro-anaérobies, ne réduisant généralement pas les nitrates, donnant une réponse négative au test ADH, isolés d'algues, de l'eau de mer, d'invertébrés et de poissons. Cette famille rassemble les genres Algicola et Pseudoalteromonas. L'unique espèce du genre Algicola ne cultive pas à 4 °C ce qui la distingue des Pseudoalteromonas sp. Genre Algicola Le genre Algicola a été créé en 2004 pour reclasser une espèce préalablement connue sous le nom de Pseudoalteromonas bacteriolytica. Algicola bacteriolytica est mésophile, aérobie et mobile grâce à un unique flagelle. Algicola bacteriolytica produit au moins six substances capables de provoquer une lyse de diverses bactéries. Cette espèce est également responsable d'une maladie d'une algue brune (Laminaria japonica) cultivée et utilisée dans l'alimentation. Genre Pseudoalteromonas Voir le fichier Pseudoalteromonas et les quelques indications données ci-dessus pour le genre Alteromonas.

Définition de la famille La famille des Shewanellaceae rassemble des bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, non sporulés, chimio-organotrophes, aérobies ou aéro-anaérobies, halophiles ou non halophiles, généralement capables de réduire les nitrates, pouvant réduire le N-oxyde de triméthylamine en anaérobiose, isolés d'algues, d'eau de mer, de sédiments, de poissons et de produits de la mer. Quelques cas d'infections ont été décrits chez l'homme et les animaux. Cette famille est réduite à son genre type, le genre Shewanella. Genre Shewanella Voir le fichier Shewanella et les quelques indications données ci-dessus pour le genre Alteromonas. Orientation bibliographique Voir aussi les fichiers Moritella, Pseudoalteromonas, Shewanella et Thalassomonas. DEMING (J.W.), SOMERS (L.K.), STRAUBE (W.L.), SWARTZ (D.G.) et MacDONALD (M.T.) : Isolation of an obligately barophilic bacterium and description of a new genus, Colwellia gen. nov. Syst. Appl. Microbiol., 1988, 10, 152-160. EUZÉBY (J.P.) : List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature. IVANOVA (E.P.), FLAVIER (S.) et CHRISTEN (R.) : Phylogenetic relationships among marine Alteromonas-like proteobacteria: emended description of the family Alteromonadaceae and proposal of Pseudoalteromonadaceae fam. nov., Colwelliaceae fam. nov., Shewanellaceae fam. nov., Moritellaceae fam. nov., Ferrimonadaceae fam. nov., Idiomarinaceae fam. nov. and Psychromonadaceae fam. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1773-1788. IVANOVA (E.P.), KIPRIANOVA (E.A.), MIKHAILOV (V.V.), LEVANOVA (G.F.), GARAGULYA (A.D.), GORSHKOVA (N.M.), VYSOTSKII (M.V.), NICOLAU (D.V.), YUMOTO (N.), TAGUCHI (T.) et YOSHIKAWA (S.) : Phenotypic diversity of Pseudoalteromonas citrea from different marine habitats and emendation of the description. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 247-256. IVANOVA (E.P.) et MIKHAILOV (V.V.) : A new family, Alteromonadaceae fam. nov., including marine proteobacteria of the genera Alteromonas, Pseudoalteromonas, Idiomarina, and Colwellia. Mikrobiologiya 2001, 70, 15-23 (en russe). Traduction anglaise : Microbiology, 2001, 70, 10-17. IVANOVA (E.P.), ROMANENKO (L.A.), CHUN (J.), MATTE (M.H.), MATTE (G.R.), MIKHAILOV (V.V.), SVETASHEV (V.I.), HUQ (A.), MAUGEL (T.) et COLWELL (R.R.) : Idiomarina gen. nov., comprising novel indigenous deep-sea bacteria from the Pacific Ocean, including descriptions of two species, Idiomarina abyssalis sp. nov. and Idiomarina zobellii sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 901–907. IVANOVA (E.P.), ROMANENKO (L.A.), MATTÉ (M.H.), MATTÉ (G.R.), LYSENKO (A.M.), SIMIDU (U.), KITA-TSUKAMOTO (K.), SAWABE (T.), VYSOTSKII (M.V.), FROLOVA (G.M.), MIKHAILOV (V.), CHRISTEN (R.) et COLWELL (R.R.) : Retrieval of the species Alteromonas tetraodonis Simidu et al. 1990 as Pseudoalteromonas tetraodonis comb. nov. and emendation of description. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1071-1078. GAUTHIER (G.), GAUTHIER (M.) et CHRISTEN (R.) : Phylogenetic analysis of the genera Alteromonas, Shewanella and Moritella using genes coding for small-subunit rRNA sequences and division of the genus Alteromonas into two genera, Alteromonas (emended) and Pseudoalteromonas gen. nov., and proposal of twelve new species combinations. Int. J. Syst. Bacteriol., 1995, 45, 755-761. MACDONELL (M.T.) et COLWELL (R.R.) : Phylogeny of the Vibrionaceae, and recommendation for two new genera, Listonella and Shewanella. Syst. Appl. Microbiol., 1985, 6, 171-182. VAN LANDSCHOOT (A.) et DE LEY (J.) : Intra- and intergeneric similarities of the rRNA cistrons of Alteromonas, Marinomonas (gen. nov.) and some other gram-negative bacteria. J. Gen. Microbiol., 1983, 129, 3057-3074.