Arenibacter, arenibacter latericius

Le genre Arenibacter et l'espèce Arenibacter latericius sont les nomenclatures validement publiées le 15 novembre 2001 pour cinq souches bactériennes isolées de sédiments de la Mer de Chine, d'algues brunes du Pacifique et de l'intestin d'un concombre de mer (Apostichopus ou Stichopus japonicus*) pêché dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon). Les pourcentages d'homologie ADN-ADN entre les cinq souches sont égaux ou supérieurs à 83 et elles forment donc une unique genomospecies (voir le fichier "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Les caractères phénotypiques, la composition des acides gras et la valeur du G + C p. cent (37,5 à 38,2) suggéraient le placement de ces souches dans la famille des Flavobacteriaceae. L'analyse des séquences des ARNr 16S montre que les cinq souches appartiennent bien à la famille des Flavobacteriaceae. Toutefois, les homologies de séquence avec l'espèce la plus proche (Zobellia uliginosa) ne dépassent pas 91,4 p. cent ce qui justifie la proposition d'un nouveau genre ( Arenibacter) et d'une nouvelle espèce (Arenibacter latericius). Le 12 septembre 2003, le genre Arenibacter s'est enrichi d'une nouvelle espèce, Arenibacter troitsensis, dépourvue d'intérêt en biologie vétérinaire. Le genre Arenibacter est constitué de bacilles à Gram négatif, immobiles, non sporulés, halophiles, aérobies, chimio-organotrophes, n'accumulant pas de poly-bêta-hydroxybutyrate, oxydase positive, catalase positive, phosphatase alcaline positive, ne dégradant ni l'agar ni l'amidon ni l'alginate ni la chitine. Outre les caractères du genre Arenibacter, les souches de Arenibacter latericius sont constituées de bacilles de forme irrégulière, aux extrémités arrondies, de 3 à 5 µm de longueur sur 0,4 à 0,6 m de diamètre. Arenibacter latericius cultive en donnant des colonies circulaires, à contour régulier, lisses, convexes, brillantes, de couleur orange foncé (production d'un pigment caroténoïde non diffusible) et d'un diamètre de 2 à 3 mm après culture sur le milieu Marine Agar. Une culture est observée pour des températures comprises entre 10 et 37 °C (température optimale 28 °C), pour un pH compris entre 6,0 et 10,0 (optimum compris entre 7,5 et 8,5) et pour des concentrations en NaCl variant de 1 à 8 p. cent. . Une réponse positive est observée pour les tests réduction des nitrates, uréase, alpha-galactosidase, alpha-N-acétylgalactosaminidase, acidification du glucose, du lactose, assimilation du citrate, du lactose, du mélibiose, du tréhalose, de l'alpha-D-glucose, de l'acide L-glutamique, de la L-ornithine, de l'uridine, du DL-alpha-glycérol phosphate, du glucose 1 phosphate et du glucose 6 phosphate. . Une réponse négative est notée pour les tests ADH, indole, phénylalanine désaminase, production d'hydrogène sulfuré, hydrolyse de la cellulose, de la caséine, de la gélatine, du Tween 60 et du Tween 80. . L'assimilation du glycérol, l'acidification du galactose, du maltose, du mannitol, du rhamnose et du xylose ainsi que la dégradation de l'ADN, du Tween 20, du Tween 40 et de l'élastine sont variables selon les souches. . Les souches de Arenibacter latericius sont sensibles à l'ampicilline, à la céfaloridine, à l'érythromycine et à la lincomycine. En revanche, elles résistent à la pénicilline G, à la néomycine, à la kanamycine, à la streptomycine, à la gentamicine et à la polymyxine B. . Quelques caractères permettant de différencier le genre Arenibacter des autres genres de la famille des Flavobacteriaceae sont présentés dans le tableau I. Orientation bibliographique IVANOVA (E.P.), NEDASHKOVSKAYA (O.I.), CHUN (J.), LYSENKO (A.M.), FROLOVA (G.M.), SVETASHEV (V.I.), VYSOTSKII (M.V.), MIKHAILOV (V.V.), HUQ (A.) et COLWELL (R.R.) : Arenibacter gen. nov., new genus of the family Flavobacteriaceae and description of a new species, Arenibacter latericius sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 1987-1995. NEDASHKOVSKAYA (O.I.), SUZUKI (M.), VYSOTSKII (M.V.) et MIKHAILOV (V.V.) : Arenibacter troitsensis sp. nov., isolated from marine bottom sediment. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1287-1290. * : Apostichopus (ou Stichopus) japonicus Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Holothuroidea ; Aspidochirotacea ; Aspidochirotida ; Stichopodidae ; Stichopus (ou Apostichopus) ; Stichopus (ou Apostichopus) japonicus. Pour un bref commentaire concernant le nom de genre (Stichopus ou Apostichopus) voir le fichier About the Latin name of the Japanese sea cucumber Le concombre de mer est un aliment très apprécié des asiatiques et notamment des chinois et des japonais. De plus, des travaux scientifiques suggèrent que Apostichopus japonicus pourrait être utilisé pour le traitement de certains cancers (lymphomes, cancers du sein). Au Japon on consomme soit l'animal entier conservé dans du vinaigre ("Sunomono") soit l'animal entier puis séché ("Iriko") soit les intestins coupés en tranches et salés ("Konowata") soit les ovaires séchés ("Konoko"). En Chine, on consomme l'animal séché vendu sous le nom de "Haisheng" (ginseng de mer). Après nettoyage et éviscération, les concombres de mer sont bouillis, salés, puis à nouveau bouillis et enfin séchés au soleil. Compte tenu de son importance, Apostichopus japonicus fait l'objet d'un élevage en Chine, au Japon, aux Indes, en Indonésie, aux Philippines et en République de Corée. La FAO a publié un document très intéressant concernant l'élevage du concombre de mer. Voir, Sea cucumber culture. Pour une photographie de cette espèce, voir Stichopus japonicus sur le site du National Science Museum, Tokyo Retour Orientation bibliographique R