Enterococcus villorum

. L'espèce Enterococcus porcinus est un synonyme junior et hétérotypique de Enterococcus villorum (pour une définition des synonymes voir l'entrée Synonyme in Glossaire de nomenclature bactérienne). La nomenclature de Enterococcus villorum a été validement publiée le 19 mars 2001 pour cinq souches d'entérocoques isolées du porc et qualifiées de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae-like. L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires et une PCR effectuée en utilisant l'amorce D113441 montrent que ces cinq souches constituent un groupe homogène. L'étude de la séquence de l'ARNr 16S de la souche LMG 12287 (qui sera désignée comme la souche type) révèle une forte homologie avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium2 (98,8 à 99,1 p. cent d'homologie) et avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus avium3 (98,1 à 98,4 p. cent d'homologie). Toutefois, les homologies ADN - ADN, effectuées entre deux souches isolées du porc (dont la souche LMG 12287) et les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium, sont comprises entre 27 et 38 p. cent. Les plus forts pourcentages d'homologie (37 à 38 p. cent) sont observés avec la souche type de Streptococcus hirae. En dépit des fortes homologies entre les séquences des ARNr 16S, les souches d'origine porcine constituent donc une nouvelle genomospecies au sein du groupe Enterococcus faecium. Un tel résultat, déjà observé pour d'autres espèces du genre Enterococcus, illustre bien les limites du séquençage des ARNr 16S4 pour définir une espèce bactérienne5. Si l'analyse électrophorétique des protéines cellulaires et une PCR effectuée en utilisant l'amorce D11344 permettent une différenciation facile des souches isolées du porc, il n'en va pas de même pour les caractères biochimiques. La distinction entre les souches d'origine porcine et les souches de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae est tout particulièrement délicate. Cependant, dans l'étude originale, l'acidification du méthyl-bêta-D-glucopyranoside et du saccharose semblaient permettre une caractérisation des souches d'origine porcine ce qui a conduit Vancanneyt et al. à proposer la nomenclature de Enterococcus villorum. En juillet 2003, De Graef et al. montrent que la souche type de l'espèce décrite sous le nom de Enterococcus porcinus est identique à la souche type de Enterococcus villorum (100 p. cent d'homologie dans les séquences des ARNr 16S, profils électrophorétiques des protéines cellulaires très similaires et caractères bactériologiques identiques). La nomenclature de Enterococcus villorum a été validée le 19 mars 2001 et elle a donc priorité sur celle de Enterococcus porcinus validée le 10 septembre 2001. Enterococcus villorum est ainsi un synonyme hétérotypique et antérieur de Enterococcus porcinus. Les souches de Enterococcus villorum sont constituées de coques à Gram positif, aéro-anaérobies, immobiles et non sporulés. Les principaux caractères biochimiques ont été étudiés à l'aide de galeries API 50CH, de galeries API 20 STREP, de galeries rapid ID32 STREP et de galeries BBL Crystal Gram-positive ID kit (voir le fichier Galerie "BBL CRYSTAL® IDENTIFICATION SYSTEMS GRAM-POSITIVE ID KIT"). . Une réponse positive est notée pour les tests réaction de Voges-Proskauer, ADH, bêta-glucosidase, pyrrolidonyl arylamidase, leucine arylamidase, arginine dihydrolase, glycyltryptophane arylamidase, hydrolyse de l'esculine, 4MU-bêta-D-glucoside, 4MU-N-acétyl-bêta-D-glucosaminide, L-phénylalanine-AMC, L-acide pyroglutamique-AMC, L-tryptophane-AMC, p-nitrophényl-bêta-D-glucoside, p-nitrophényl-bêta-D-cellobioside, o-nitrophényl-bêta-D-galactoside (ONPG) & p-nitrophényl-alpha-D-galactoside, acidification de l'amygdaline, de l'arbutine, du cellobiose, du glycérol (acidification faible et nécessitant deux jours d'incubation), du D-glucose, de la N-acétyl-glucosamine, du D-fructose, du galactose, du bêta-gentiobiose, du lactose, du maltose, du D-mannose, du ribose, de la salicine et du tréhalose. . Une réponse négative est obtenue avec les tests catalase, hydrolyse de l'hippurate, phosphatase alcaline, bêta-glucuronidase, bêta-mannosidase, alanine-phénylalanine-proline arylamidase, L-valine-AMC, 4MU-alpha-D-glucoside, L-arginine-AMC, 4MU-phosphate, 4MU-bêta-D-glucuronide, L-isoleucine-AMC, p-nitrophényl-phosphate, proline & leucine-p-nitroanilide, uréase, acidification de l'adonitol, du D-arabitol, du L- arabitol, du D-arabinose, du L-arabinose, de la D-cyclodextrine, du 2-cétogluconate, du 5-cétogluconate, du dulcitol, de l'érythritol, du D-fucose, du L-fucose, de l'alpha-méthyl-D-glucoside, du gluconate, du glycogène, de l'inositol, de l'inuline, du D-lyxose, du maltotriose, du mannitol, de l'alpha-méthyl-D-mannoside, du mélézitose, du pullulane, du rhamnose, du sorbitol, du L-sorbose, du D-tagatose, du xylitol, du L-xylose et du bêta-méthyl-D-xyloside. . Une réponse variable selon les souches est observée pour le test p-nitrophényl-alpha-D-maltoside et l'acidification du méthyl-bêta-D-glucopyranoside, du mélibiose, du raffinose, du saccharose et du D-xylose. . Les caractères permettant de différencier Enterococcus villorum des autres entérocoques du groupe Faecium sont présentés dans le tableau I. Toutefois, aucun caractère phénotypique ne permet de différencier à coup sûr Enterococcus durans, Enterococcus hirae et Enterococcus villorum. Pour Devriese et al. 2002, un laboratoire de diagnostic devrait répondre entérocoque du groupe "Enterococcus durans/Enterococcus hirae/Enterococcus villorum" et non Enterococcus durans, Enterococcus hirae ou Enterococcus villorum. La croissance est possible en présence de 6,5 p. cent de NaCl, sur gélose bile-esculine6 et sur les milieux sélectifs contenant de l'azide de sodium. Sur la gélose de Slanetz-Bartley7, les colonies sont roses et se développent lentement. Les colonies obtenues sur une gélose au sang de cheval s'entourent d'une zone d'hémolyse alpha. Les souches de Enterococcus villorum ont été isolées de l'intestin de porcs, des poulets et, au moins pour une souche, d'un pigeon. À la connaissance de l'auteur, aucune donnée n'est disponible en ce qui concerne le pouvoir pathogène pour les oiseaux. Chez le porc, l'infection par Enterococcus villorum est associée à des diarrhées néonatales. L'examen anatomopathologique révèle une colonisation importante des villosités de la muqueuse de l'intestin grêle, s'étendant de la pointe à la base des villosités. La pathogénie des diarrhées est encore mal comprise. Aucune cytotoxine n'a été mise en évidence et les lésions de la muqueuse sont minimes. Enterococcus villorum pourrait diminuer l'activité d'enzymes digestives comme la lactase et la phosphatase alcaline et interférer avec la digestion et l'absorption des aliments. Des souches qualifiées de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae sont associées à des entérites chez les rats, les poulains, les chatons, les chiots, les chiens adultes, les veaux, les porcelets et les volailles. Très fréquemment ces souches ont la capacité d'adhérer aux villosités intestinales. Pour Devriese et al. 2002 et pour Vancanneyt et al. 2001, certaines de ces souches pourraient appartenir à l'espèce Enterococcus villorum. Orientation bibliographique DE GRAEF (E.M.), DEVRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), BAELE (M.), COLLINS (M.D.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Description of Enterococcus canis sp. nov. from dogs and reclassification of Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 as a junior synonym of Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1069-1074. DESCHEEMAEKER (P.), LAMMENS (C.), POT (B.), VANDAMME (P.) et GOOSSENS (H.) : Evaluation of arbitrarily primed PCR analysis and pulsed-field gel electrophoresis of large genomic DNA fragments for identification of enterococci important in human medicine. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 555-561. DE VRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), DESCHEEMAEKER (P.), BAELE (M.) VAN LANDUYT (H.W.), GORDTS (B.), BUTAYE (P.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Differentiation and identification of Enterococcus durans, E. hirae and E. villorum. J. Appl. Microbiol., 2002, 92, 821-827. TEIXEIRA (L.M.), CARVALHO (M. da G.S.), ESPINOLA (M.M.B.), STEIGERWALT (A.G.), DOUGLAS (M.P.), BRENNER (D.J.) et FACKLAM (R.R.) : Enterococcus porcinus sp. nov. and Enterococcus ratti sp. nov., associated with enteric disorders in animals. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1737-1743. VANCANNEYT (M.), SNAUWAERT (C.), CLEENWERCK (I.), BAELE (M.), DESCHEEMAEKER (P.), GOOSSENS (H.), POT (B.), VANDAMME (P.), SWINGS (J.), HAESEBROUCK (F.) et DEVRIESE (L.A.) : Enterococcus villorum sp. nov., an enteroadherent bacterium associated with diarrhoea in piglets. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001, 51, 393-400. WILLIAMS (A.M.), RODRIGUES (U.M.) et COLLINS (M.D.) : Intragenic relationships of enterococci as determined by reverse transcriptase sequencing of small-subunit rRNA. Res. Microbiol., 1991, 142, 67-74.

1 : Les travaux de Descheemaeker et al. ont montré l'intérêt d'une PCR utilisant l'amorce D14307 (5'-GGTTGGGTGAGAATTGCACG-3') pour la caractérisation des espèces du genre Enterococcus. Retour 2 : Espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium (entérocoques du groupe Faecium) Le groupe Enterococcus faecium, tel qu'il est défini par Williams et al. 1991 et par De Graef et al. 2003, est constitué de Enterococcus faecium, de Enterococcus canis, de Enterococcus durans, de Enterococcus hirae, de Enterococcus mundtii et de Enterococcus villorum. Retour 3 : Espèces placées dans le groupe Enterococcus avium (entérocoques du groupe Avium) Le groupe Enterococcus avium, tel qu'il est défini par Williams et al. 1991, comprend Enterococcus avium, Enterococcus malodoratus, Enterococcus pseudoavium et Enterococcus raffinosus. Ultérieurement, l'espèce Enterococcus gilvus sera ajoutée à ce groupe. Retour 4 : Séquençage des ARNr 16S et définition d'une espèce bactérienne Pour Stackebrandt et Goebel, lorsqu'il existe moins de 97 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de deux souches, ces souches appartiennent à des espèces différentes. En revanche, si le pourcentage d'homologie est égal ou supérieur à 97, le placement de deux souches dans une unique espèce ou dans deux espèces différentes doit reposer sur les résultats des hybridations ADN - ADN ou sur les résultats d'autres techniques donnant des renseignements équivalents. Au sein du genre Enterococcus, les pourcentages d'homologie des séquences des ARNr 16S des souches types des diverses espèces dépassent fréquemment 97 p. cent alors que les pourcentages d'hybridation ADN - ADN sont faibles. Ainsi, il existe 99,8 p. cent d'homologie entre les séquences des ARNr 16S de Enterococcus casseliflavus et Enterococcus gallinarum ; 99,7 p. cent d'homologie entre Enterococcus durans et Enterococcus faecium ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus haemoperoxydus ; 97,4 p. cent entre Enterococcus faecalis et Enterococcus moraviensis. Une situation comparable existe également pour d'autres genres tels que les genres Helicobacter, Bacillus ou Corynebacterium. . Les deux souches de "Helicobacter westmeadii" isolées par Trivett-Moore et al. et considérées comme une nouvelle espèce sur la base de l'étude de la séquence des ARNr 16S sont en fait des souches de Helicobacter cinaedi. De même, la souche CCUG 33804 (souvent désignée sous le nom de Helicobacter sp. souche Mainz), considérée par Husmann et al. comme une nouvelle espèce, est également une souche de Helicobacter cinaedi. Comme le rappelle Vandamme et al., seules les hybridations ADN - ADN (ou l'analyse électrophorétique des protéines qui donne des résultats équivalents) permettent de définir de nouvelles espèces au sein du genre Helicobacter. . Les séquences des ARNr 16S de Bacillus globisporus et de Bacillus psychrophilus présentent plus de 99,5 p. cent d'homologie alors que les homologies ADN - ADN démontrent que ce sont bien deux espèces différentes. . Dans le genre Corynebacterium, les séquences des ARNr 16S de Corynebacterium propinquum et de Corynebacterium pseudodiphtheriticum présentent plus de 99 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium diphtheriae, de Corynebacterium pseudotuberculosis et de Corynebacterium ulcerans présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium afermentans et de Corynebacterium mucifaciens présentent plus de 98 p. cent d'homologie ; les séquences de Corynebacterium falsenii et de Corynebacterium jeikeium présentent 98 p. cent d'homologie. Références : . DE GRAEF (E.M.), DEVRIESE (L.A.), VANCANNEYT (M.), BAELE (M.), COLLINS (M.D.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Description of Enterococcus canis sp. nov. from dogs and reclassification of Enterococcus porcinus Teixeira et al. 2001 as a junior synonym of Enterococcus villorum Vancanneyt et al. 2001. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 1069-1074. . FOX (G.E.), WISOTZKEY (J.D.) et JURTSHUK Jr. (P.) : How close is close: 16S rRNA sequence identity may not be sufficient to guarantee species identity. Int. J. Syst. Bacteriol, 1992, 42, 166-170. . HUSMANN (M.), GRIES (C.), JENICHEN (P.), WOELFEL (T.), GERKEN (G.), LUDWIG (W.) et BHAKDI (S.) : Helicobacter sp. strain Mainz isolated from an AIDS patient with septic arthritis: case report and nonradioactive analysis of 16S rRNA sequence. J. Clin. Microbiol., 1994, 32, 3037-3039. . SJÖDÉN (B.), FUNKE (G.), IZQUIERDO (A.), AKERVALL (E.) et COLLINS (M.D.) : Description of some coryneform bacteria isolated from human clinical specimens as Corynebacterium falsenii sp. nov. Int. J. Syst. Bacteriol., 1998, 48, 69-74. . STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. . SVEC (P.), DEVRIESE (L.A.), SEDLÁCEK (I.), BAELE (M.), VANCANNEYT (M.), HAESEBROUCK (F.), SWINGS (J.) et DOSKAR (J.) : Enterococcus haemoperoxidus sp. nov. and Enterococcus moraviensis sp. nov., isolated from water. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1567-1574. . TRIVETT-MOORE (N.L.), RAWLINSON (W.D.) et GILBERT (G.L.) : Helicobacter westmeadii sp. nov., a new species isolated from blood cultures of two AIDS patients. J. Clin. Microbiol., 1997, 35, 1144-1150. . VANDAMME (P.), HARRINGTON (C.S.), JALAVA (K.) et ON (S.L.W.) : Misidentifying helicobacters: the Helicobacter cinaedi example. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 2261-2266. Retour 5 : Voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne. Retour 6 : Milieu bile-esculine (composition en grammes par litre) : Extrait de viande : 3,0 Peptone de viande : 5,0 Bile de bœuf : 40,0 Esculine : 1,0 Citrate de fer : 0,5 Agar : 14,5 Ce milieu peut être enrichi de 5 p. cent de sérum de cheval. Retour 7 : Milieu de Slanetz et Bartley ou m-Enterococcus agar (composition en grammes par litre) : Tryptone : 15,0 Peptone : 5,0 Extraits de levure : 0,5 Glucose : 2,0 ou 5,0 K2HPO4 : 4,0 Azide de sodium : 0,4 Chlorure 2, 3, 5 triphényltétrazolium (solution à 1 p. cent) : 10,0 Agar : 10 Les colonies de couleur rose, rouge ou rouge foncé sont considérées comme des souches de Enterococcus sp., mais certains entérocoques donnent des colonies de couleur crème. Sur ce milieu, la croissance de Enterococcus avium, de Enterococcus canis, de Enterococcus casseliflavus, de Enterococcus cecorum, de Enterococcus columbae, de Enterococcus dispar, de Enterococcus gallinarum, de Enterococcus malodoratus et de Enterococcus pseudoavium peut être partiellement inhibée. Inversement, d'autres bactéries (coques à Gram positif, bacilles à Gram positif, bacilles à Gram négatif) peuvent cultiver sur le milieu de Slanetz et Bartley. Dans l'étude de Svec et Sedlacek (1999), 17 p. cent des souches isolées sur ce milieu n'appartenaient pas au genre Enterococcus. Retour