Enterococcus villorum

Créé le 12 août 2003

ENTEROCOCCUS VILLORUM

. Voir aussi le fichier ¤ Enterococcus.

. L'espèce Enterococcus porcinus est un synonyme junior et hétérotypique de Enterococcus villorum (pour une définition des synonymes voir l'entrée Synonyme in Glossaire de nomenclature bactérienne).

La nomenclature de Enterococcus villorum a été validement publiée le 19 mars 2001 pour cinq souches d'entérocoques isolées du porc et qualifiées de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae-like.

L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires et une PCR effectuée en utilisant l'amorce D11344¹ montrent que ces cinq souches constituent un groupe homogène.
L'étude de la séquence de l'ARNr 16S de la souche LMG 12287 (qui sera désignée comme la souche type) révèle une forte homologie avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium² (98,8 à 99,1 p. cent d'homologie) et avec les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus avium³ (98,1 à 98,4 p. cent d'homologie). Toutefois, les homologies ADN - ADN, effectuées entre deux souches isolées du porc (dont la souche LMG 12287) et les souches types des espèces placées dans le groupe Enterococcus faecium, sont comprises entre 27 et 38 p. cent. Les plus forts pourcentages d'homologie (37 à 38 p. cent) sont observés avec la souche type de Streptococcus hirae. En dépit des fortes homologies entre les séquences des ARNr 16S, les souches d'origine porcine constituent donc une nouvelle genomospecies au sein du groupe Enterococcus faecium. Un tel résultat, déjà observé pour d'autres espèces du genre Enterococcus, illustre bien les limites du séquençage des ARNr 16S⁴ pour définir une espèce bactérienne⁵.
Si l'analyse électrophorétique des protéines cellulaires et une PCR effectuée en utilisant l'amorce D11344 permettent une différenciation facile des souches isolées du porc, il n'en va pas de même pour les caractères biochimiques. La distinction entre les souches d'origine porcine et les souches de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae est tout particulièrement délicate. Cependant, dans l'étude originale, l'acidification du méthyl-bêta-D-glucopyranoside et du saccharose semblaient permettre une caractérisation des souches d'origine porcine ce qui a conduit Vancanneyt et al. à proposer la nomenclature de Enterococcus villorum.

En juillet 2003, De Graef et al. montrent que la souche type de l'espèce décrite sous le nom de Enterococcus porcinus est identique à la souche type de Enterococcus villorum (100 p. cent d'homologie dans les séquences des ARNr 16S, profils électrophorétiques des protéines cellulaires très similaires et caractères bactériologiques identiques).
La nomenclature de Enterococcus villorum a été validée le 19 mars 2001 et elle a donc priorité sur celle de Enterococcus porcinus validée le 10 septembre 2001. Enterococcus villorum est ainsi un synonyme hétérotypique et antérieur de Enterococcus porcinus.

Les souches de Enterococcus villorum sont constituées de coques à Gram positif, aéro-anaérobies, immobiles et non sporulés.

Les principaux caractères biochimiques ont été étudiés à l'aide de galeries API 50CH, de galeries API 20 STREP, de galeries rapid ID32 STREP et de galeries BBL Crystal Gram-positive ID kit (voir le fichier Galerie "BBL CRYSTAL® IDENTIFICATION SYSTEMS GRAM-POSITIVE ID KIT").
. Une réponse positive est notée pour les tests réaction de Voges-Proskauer, ADH, bêta-glucosidase, pyrrolidonyl arylamidase, leucine arylamidase, arginine dihydrolase, glycyltryptophane arylamidase, hydrolyse de l'esculine, 4MU-bêta-D-glucoside, 4MU-N-acétyl-bêta-D-glucosaminide, L-phénylalanine-AMC, L-acide pyroglutamique-AMC, L-tryptophane-AMC, p-nitrophényl-bêta-D-glucoside, p-nitrophényl-bêta-D-cellobioside, o-nitrophényl-bêta-D-galactoside (ONPG) & p-nitrophényl-alpha-D-galactoside, acidification de l'amygdaline, de l'arbutine, du cellobiose, du glycérol (acidification faible et nécessitant deux jours d'incubation), du D-glucose, de la N-acétyl-glucosamine, du D-fructose, du galactose, du bêta-gentiobiose, du lactose, du maltose, du D-mannose, du ribose, de la salicine et du tréhalose.
. Une réponse négative est obtenue avec les tests catalase, hydrolyse de l'hippurate, phosphatase alcaline, bêta-glucuronidase, bêta-mannosidase, alanine-phénylalanine-proline arylamidase, L-valine-AMC, 4MU-alpha-D-glucoside, L-arginine-AMC, 4MU-phosphate, 4MU-bêta-D-glucuronide, L-isoleucine-AMC, p-nitrophényl-phosphate, proline & leucine-p-nitroanilide, uréase, acidification de l'adonitol, du D-arabitol, du L- arabitol, du D-arabinose, du L-arabinose, de la D-cyclodextrine, du 2-cétogluconate, du 5-cétogluconate, du dulcitol, de l'érythritol, du D-fucose, du L-fucose, de l'alpha-méthyl-D-glucoside, du gluconate, du glycogène, de l'inositol, de l'inuline, du D-lyxose, du maltotriose, du mannitol, de l'alpha-méthyl-D-mannoside, du mélézitose, du pullulane, du rhamnose, du sorbitol, du L-sorbose, du D-tagatose, du xylitol, du L-xylose et du bêta-méthyl-D-xyloside.
. Une réponse variable selon les souches est observée pour le test p-nitrophényl-alpha-D-maltoside et l'acidification du méthyl-bêta-D-glucopyranoside, du mélibiose, du raffinose, du saccharose et du D-xylose.
. Les caractères permettant de différencier Enterococcus villorum des autres entérocoques du groupe Faecium sont présentés dans le tableau I. Toutefois, aucun caractère phénotypique ne permet de différencier à coup sûr Enterococcus durans, Enterococcus hirae et Enterococcus villorum. Pour Devriese et al. 2002, un laboratoire de diagnostic devrait répondre entérocoque du groupe "Enterococcus durans/Enterococcus hirae/Enterococcus villorum" et non Enterococcus durans, Enterococcus hirae ou Enterococcus villorum.

La croissance est possible en présence de 6,5 p. cent de NaCl, sur gélose bile-esculine⁶ et sur les milieux sélectifs contenant de l'azide de sodium. Sur la gélose de Slanetz-Bartley⁷, les colonies sont roses et se développent lentement. Les colonies obtenues sur une gélose au sang de cheval s'entourent d'une zone d'hémolyse alpha.

Les souches de Enterococcus villorum ont été isolées de l'intestin de porcs, des poulets et, au moins pour une souche, d'un pigeon. À la connaissance de l'auteur, aucune donnée n'est disponible en ce qui concerne le pouvoir pathogène pour les oiseaux.
Chez le porc, l'infection par Enterococcus villorum est associée à des diarrhées néonatales. L'examen anatomopathologique révèle une colonisation importante des villosités de la muqueuse de l'intestin grêle, s'étendant de la pointe à la base des villosités. La pathogénie des diarrhées est encore mal comprise. Aucune cytotoxine n'a été mise en évidence et les lésions de la muqueuse sont minimes. Enterococcus villorum pourrait diminuer l'activité d'enzymes digestives comme la lactase et la phosphatase alcaline et interférer avec la digestion et l'absorption des aliments.
Des souches qualifiées de Enterococcus durans ou de Enterococcus hirae sont associées à des entérites chez les rats, les poulains, les chatons, les chiots, les chiens adultes, les veaux, les porcelets et les volailles. Très fréquemment ces souches ont la capacité d'adhérer aux villosités intestinales. Pour Devriese et al. 2002 et pour Vancanneyt et al. 2001, certaines de ces souches pourraient appartenir à l'espèce Enterococcus villorum.

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