Helicobacter canadensis

Voir aussi le fichier Helicobacter pullorum. Systématique Helicobacter pullorum est une bactérie difficile à identifier et elle ne se distingue de Campylobacter coli que par l'absence d'une indoxyl acétate estérase. Aussi, la recherche de cette enzyme est considérée comme importante pour le diagnostic différentiel de ces deux espèces. Les résultats d'un test PCR (initialement décrit comme étant spécifique de Helicobacter pullorum), l'analyse des acides gras et l'analyse des fragments de restriction du gène codant pour l'ARNr 16S avaient permis de diagnostiquer Helicobacter pullorum chez quatre patients atteints de diarrhée. Toutefois, ces quatre souches synthétisent une indoxyl acétate estérase et ce caractère, non décrit pour Helicobacter pullorum, a conduit Fox et al. à préciser la position taxonomique de ces souches. Les séquences des ARNr 16S des quatre souches humaines diffèrent entre elles par moins de 8 bases alors que les séquences des ARNr 16S de la souche NLEP-16143 (qui sera désignée comme la souche type de Helicobacter canadensis) et de la souche type NCTC 12824 de Helicobacter pullorum diffèrent entre elles par 28 bases (soit une différence d'environ 2 p. cent). En utilisant les enzymes de restriction AluI et HhaIL, les fragments de restriction des produits d'amplification des gènes codant pour les ARNr 16S (technique RFLP) sont identiques entre les souches NLEP-16143 et NCTC 12824. Cependant, l'utilisation de l'enzyme de restriction ApaLI permet de différencier les deux souches. Les souches de Helicobacter pullorum synthétisent une toxine CDT (Cytolethal Distending Toxin) alors que le gène cdtB n'a pas pu être mis en évidence chez les souches étudiées par Fox et al. (deux souches testées dont la souche NLEP-16143). La souche NLEP-16143 ainsi que la souche NLEP-16767 avaient été incluses dans une étude publiée en 1999 par Gibson et al. Ces auteurs montraient que ces deux souches différaient de 18 autres souches de Helicobacter pullorum (dont la souche type) par une technique RFLP (utilisation de l'enzyme HindIII) et par l'analyse des fragments de macrorestriction de l'ADN engendrés par l'enzyme SacII. Compte tenu de leurs propres résultats et des résultats de Gibson et al., Fox et al. proposent, en juillet 2000, la création d'une nouvelle espèce, Helicobacter canadensis. Cette nomenclature sera validement publiée le 14 janvier 2002 par inscription sur la liste de validation n° 84. On peut remarquer que la différence de 2 p. cent observée entre les séquences des ARNr 16S des souches types de Helicobacter canadensis et de Helicobacter pullorum ne permet pas d'individualiser à coup sûr une nouvelle espèce (voir Stackebrandt et Goebel) et que les hybridations ADN-ADN, dont l'utilisation est recommandée par le "sous-comité de taxonomie des Campylobacter et des bactéries apparentées", n'ont pas été effectuées. Caractères bactériologiques Helicobacter canadensis possède les caractères généraux du genre Helicobacter (voir annexe I). Les souches de Helicobacter canadensis sont constituées de bacilles incurvés ou spiralés (une à trois spires), de 0,3 µm de diamètre sur 1,5 à 4,0 µm de longueur, dépourvus de fibres périplasmiques, mobiles grâce à un unique flagelle polaire ou grâce à un flagelle présent à chacune des extrémités de la cellule. Comme c'est le cas pour quelques espèces du genre, les flagelles ne sont pas entourés d'une gaine protéique. Le type respiratoire est micro-aérophile et aucune croissance n'est obtenue en aérobiose ou en anaérobiose. Sur une gélose au sang incubée à 37 ou à 42 °C, la croissance se traduit par un film. Toutes les souches cultivent en présence de 1 p. cent de glycine et elles sont résistantes à l'acide nalidixique (disque chargé à 30 µg) et à la céfalotine (disque chargé à 30 µg). Une réponse positive est obtenue pour les tests catalase, oxydase et indoxyl acétate estérase. La réponse est négative pour les tests phosphatase alcaline, uréase et gamma-glutamyl transférase. La réduction des nitrates est un caractère variable selon les souches. Helicobacter canadensis se différencie de Helicobacter pullorum car cette dernière espèce n'hydrolyse pas l'indoxyl acétate et elle est très généralement sensible à l'acide nalidixique. Les caractères permettant de différencier Helicobacter canadensis des autres espèces du genre Helicobacter sont donnés dans le tableau I. Habitat et pouvoir pathogène Les souches de Helicobacter canadensis, décrites par Fox et al., ont été isolées de patients atteints de diarrhées et vivant au Canada (deux femmes âgées de 31 ans, un adolescent de 17 ans et un homme âgé de 27 ans). Une souche, très proche de la souche type de Helicobacter canadensis, a été isolée en Australie du sang d'un patient âgé de 31 ans et souffrant d'une hyperthermie (39 °C), de maux de tête, de frissons, d'asthénie, d'indifférence, de myalgie et d'arthralgie. Helicobacter canadensis n'a pas été identifié chez les animaux, mais, compte tenu des difficultés à différencier à cette espèce de Helicobacter pullorum, elle ne peut être ignorée des vétérinaires. De plus, il n'est pas exclu que son habitat et son pouvoir pathogène soient comparables à ceux de Helicobacter pullorum. Toutefois, contrairement à Helicobacter pullorum, Helicobacter canadensis ne produit pas de toxine CDT. Diagnostic bactériologique L'étude des caractères bactériologiques classiques ne permet pas de distinguer de manière formelle Helicobacter canadensis, Campylobacter coli et Campylobacter lari. Il sera donc nécessaire de recourir à des tests de biologie moléculaire et notamment à des tests PCR amplifiant une séquence d'ARNr 16S spécifique du genre Helicobacter ou amplifiant une séquence spécifique de l'ARNr 16S de Helicobacter canadensis et de Helicobacter pullorum Les caractères phénotypiques ne permettent pas de différencier facilement Helicobacter canadensis et Helicobacter pullorum et il en va de même pour les tests d'amplification en chaîne par polymérase. Les amorces* décrites comme étant spécifiques de Helicobacter pullorum sont également capables d'amplifier la séquence homologue de l'ARNr 16S de Helicobacter canadensis. Il conviendra donc soit de séquencer les amplicons obtenus soit de les soumettre à l'action de l'enzyme de restriction ApaLI (les amplicons de Helicobacter canadensis donnent alors naissance à un fragment de 250 pb et à un fragment de 950 pb alors que les amplicons de Helicobacter pullorum ne sont pas clivés par cette enzyme). L'électrophorèse en champ pulsé, après digestion de l'ADN par l'enzyme de macrorestriction SacII ou la recherche du gène cdtB permettent également de différencier les deux espèces. Orientation bibliographique DEWHIRST (F.E.), FOX (J.G.) et ON (S.L.W.) : Recommended minimal standards for describing new species of the genus Helicobacter. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 2231-2237. FOX (J.G.), CHIEN (C.C.), DEWHIRST (F.E.), PASTER (B.J.), SHEN (Z.), MELITO (P.L.), WOODWARD (D.L.) et RODGERS (F.G.) : Helicobacter canadensis sp. nov. isolated from humans with diarrhea as an exemple of an emerging pathogen. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 2546-2549. GIBSON (J.R.), FERRUS (M.A.), WOODWARD (D.), XERRY (J.) et OWEN (R.J.) : Genetic diversity in Helicobacter pullorum from human and poultry sources identified by an amplified fragment length polymorphism technique and pulsed-field gel electrophoresis. J. Appl. Mirobiol., 1999, 87, 602-610. SOLNICK (J.V.) et SCHAUER (D.B.) : Emergence of diverse Helicobacter species in the pathogenesis of gastric and enterohepatic diseases. Clin. Microbiol. Rev., 2001, 14, 59-97. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. TEE (W.), MONTGOMERY (J.) et DYALL-SMITH (M.) : Bacteremia caused by a Helicobacter pullorum-like organism. Clin. Infect. Dis., 2001, 33, 1789-1791. YOUNG (V.B.), CHIEN (C.C.), KNOX (K.A.), TAYLOR (N.S.), SCHAUER (D.B.) et FOX (J.G.) : Cytolethal distending toxin in avian and human isolates of Helicobacter pullorum. J. Infect. Dis., 2000, 182, 620-623. * : Il existe des erreurs dans les amorces décrites dans l'article de Staley et al. (STANLEY (J.), LINTON (D.), BURNENS (A.P.), DEWHIRST (F.E.), ON (S.L.W.), PORTER (A.), OWEN (R.J.) et COSTAS (M.) : Helicobacter pullorum sp. nov. - genotype and phenotype of a new species isolated from poultry and from human patients with gastroenteritis. Microbiology, 1994, 140, 3441-3449). Selon Fox et al., les amorces correctes sont les suivantes : Amorce 5' (positions 819 à 839) : 5'ATG AAT GCT AGT TGT TGT GAG3' Amorce 3' (positions 1282 à 1265) : 5'GAT TGG CTC CAC TTC ACA3' Retour