Lactobacillus ingluviei

Créé le 28 mars 2003
Dernière modification le 14 avril 2006

LACTOBACILLUS INGLUVIEI

Même si un travail daté de 1990 avait révélé la présence d'entérocoques et de lactobacilles, la flore bactérienne du jabot des pigeons est mal connue. En 2001, Baele et al. publient les résultats d'une étude consacrée à la recherche d'entérocoques, de streptocoques et de lactobacilles dans le jabot de 10 pigeons appartenant à dix élevages différents. Ces auteurs isolent 42 souches bactériennes dont 18 souches de Lactobacillus agilis, une souche de Lactobacillus salivarius, une souche de Lactobacillus johnsonii et cinq souches non identifiées mais apparentées à ¤ Lactobacillus mucosae et à Lactobacillus fermentum.

En 2003, ces cinq souches, ainsi que deux souches isolées de l'intestin, ont fait l'objet d'une étude génétique montrant qu'elles constituent une nouvelle espèce du genre Lactobacillus* pour laquelle Baele et al. valident la nomenclature de Lactobacillus ingluviei.
. La taille des fragments obtenus après amplification des séquences situées entre les gènes codant pour les ARN de transfert (tRNA-intergenic spacer length polymorphism analysis ou tDNA-PCR) est identique pour les sept souches qui forment ainsi un groupe homogène et distinct des autres espèces du genre Lactobacillus.
. La séquence de l'ARNr 16S de la souche KR3 (qui sera désignée comme la souche type de Lactobacillus ingluviei) présente 96 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Lactobacillus fermentum et 95,4 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de ¤ Lactobacillus mucosae. Selon Stackebrandt et Goebel, ces valeurs sont compatibles avec la création d'une nouvelle espèce.
. Les hybridations ADN - ADN, réalisées sur deux souches dont la souche KR3, montrent qu'elles forment une unique genomospecies puisque les pourcentages d'homologie sont de 77 (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne").
. L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires, effectuée sur les sept souches, confirme qu'elles méritent d'être placées dans une espèce distincte.

Le 06 avril 2006, Felis et al. publient un article montrant que Lactobacillus ingluviei est un synonyme antérieur et hétérotypique de ¤ Lactobacillus thermotolerans. Notamment, les souches types de ces deux espèces présentent des homologies ADN-ADN d'environ 79 p. cent. Pour ces auteurs, les caractères phénotypiques de ces deux taxons sont proches ce qui rend inutile la création de deux sous-espèces et une modification de la description de Lactobacillus ingluviei. Il convient cependant de remarquer que Felis et al. n'ont étudié que les caractères phénotypiques des seules souches types !
L'habitat de ces germes est cependant différent et leurs caractères phénotypiques ne sont pas identiques (notamment les souches de Lactobacillus ingluviei ne sont pas thermotolérantes). Aussi, en l'absence d'une modification de la description de Lactobacillus ingluviei (ou de la création de deux sous-espèces), nous considérerons que ces deux espèces constituent des taxons distincts.

Les souches de Lactobacillus ingluviei se présentent sous la forme de bacilles courts et trapus, à Gram positif (mais se décolorant facilement), isolés ou groupés par deux, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies et catalase négative.

L'acidification des sucres a été recherchée à l'aide de galeries API 50CH.
. Une réponse positive est notée pour l'acidification du L-arabinose, du D-fructose, du bêta méthyl-D-xyloside, du ribose, du saccharose et du D-xylose.
. Une réponse variable est obtenue pour l'acidification de l'esculine, du gluconate, du D-glucose, du maltose, du D-mannose et du D-raffinose.
. Les autres sucres de la galerie ne sont pas acidifiés.
. L'absence d'acidification du galactose et du mélibiose différencie Lactobacillus ingluviei de Lactobacillus fermentum. L'acidification du D-fructose distingue Lactobacillus ingluviei de ¤ Lactobacillus mucosae qui n'acidifie pas ce sucre.

La croissance est optimale lorsque les milieux sont incubés à 42 °C dans une atmosphère anaérobie. Aucune croissance n'est observée à 25 °C et elle est faible à 30 °C. La présence de 5 p. cent de dioxyde de carbone stimule légèrement la croissance lorsque les milieux sont incubés en aérobiose.
Sur gélose Columbia au sang, les colonies sont non hémolytiques, leur diamètre est d'environ 0,5 mm et elles ont un aspect comparable à des colonies de streptocoques. Sur gélose MRS**, six souches donnent des colonies lisses et une souche donne des colonies sèches et friables.

Toutes les souches ont été isolées de pigeons. Cinq souches ont pour origine le jabot et deux souches proviennent de l'intestin.

Quelques caractères permettant de différencier Lactobacillus ingluviei des autres espèces du genre Lactobacillus isolées du jabot des pigeons sont présentés dans le tableau I.

BAELE (M.), BAELE (P.), VANEECHOUTTE (M.), STORMS (V.), BUTAYE (P.), DEVRIESE (L.A.),VERSCHRAEGEN (G.), GILLIS (M.) et HAESEBROUCK (F.) : Application of tRNA intergenic spacer PCR for identification of Enterococcus species. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 4201-4207.

BAELE (M.), DEVRIESE (L.A.) et HAESEBROUCK (F.) : Lactobacillus agilis is an important component of the pigeon crop flora. J. Appl. Microbiol., 2001, 91, 488-491.

BAELE (M.), VANCANNEYT (M.), DEVRIESE (L.A.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Lactobacillus ingluviei sp. nov., isolated from the intestinal tract of pigeons. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 133-136.

STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849.