Lactobacillus ingluviei

Même si un travail daté de 1990 avait révélé la présence d'entérocoques et de lactobacilles, la flore bactérienne du jabot des pigeons est mal connue. En 2001, Baele et al. publient les résultats d'une étude consacrée à la recherche d'entérocoques, de streptocoques et de lactobacilles dans le jabot de 10 pigeons appartenant à dix élevages différents. Ces auteurs isolent 42 souches bactériennes dont 18 souches de Lactobacillus agilis, une souche de Lactobacillus salivarius, une souche de Lactobacillus johnsonii et cinq souches non identifiées mais apparentées à Lactobacillus mucosae et à Lactobacillus fermentum. En 2003, ces cinq souches, ainsi que deux souches isolées de l'intestin, ont fait l'objet d'une étude génétique montrant qu'elles constituent une nouvelle espèce du genre Lactobacillus* pour laquelle Baele et al. valident la nomenclature de Lactobacillus ingluviei. . La taille des fragments obtenus après amplification des séquences situées entre les gènes codant pour les ARN de transfert (tRNA-intergenic spacer length polymorphism analysis ou tDNA-PCR) est identique pour les sept souches qui forment ainsi un groupe homogène et distinct des autres espèces du genre Lactobacillus. . La séquence de l'ARNr 16S de la souche KR3 (qui sera désignée comme la souche type de Lactobacillus ingluviei) présente 96 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Lactobacillus fermentum et 95,4 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Lactobacillus mucosae. Selon Stackebrandt et Goebel, ces valeurs sont compatibles avec la création d'une nouvelle espèce. . Les hybridations ADN - ADN, réalisées sur deux souches dont la souche KR3, montrent qu'elles forment une unique genomospecies puisque les pourcentages d'homologie sont de 77 (voir le fichier "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). . L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires, effectuée sur les sept souches, confirme qu'elles méritent d'être placées dans une espèce distincte. Les souches de Lactobacillus ingluviei se présentent sous la forme de bacilles courts et trapus, à Gram positif (mais se décolorant facilement), isolés ou groupés par deux, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies et catalase négative. L'acidification des sucres a été recherchée à l'aide de galeries API 50CH. . Une réponse positive est notée pour l'acidification du L-arabinose, du D-fructose, du bêta méthyl-D-xyloside, du ribose, du saccharose et du D-xylose. . Une réponse variable est obtenue pour l'acidification de l'esculine, du gluconate, du D-glucose, du maltose, du D-mannose et du D-raffinose. . Les autres sucres de la galerie ne sont pas acidifiés. . L'absence d'acidification du galactose et du mélibiose différencie Lactobacillus ingluviei de Lactobacillus fermentum. L'acidification du D-fructose distingue Lactobacillus ingluviei de Lactobacillus mucosae qui n'acidifie pas ce sucre. La croissance est optimale lorsque les milieux sont incubés à 42 °C dans une atmosphère anaérobie. Aucune croissance n'est observée à 25 °C et elle est faible à 30 °C. La présence de 5 p. cent de dioxyde de carbone stimule légèrement la croissance lorsque les milieux sont incubés en aérobiose. Sur gélose Columbia au sang, les colonies sont non hémolytiques, leur diamètre est d'environ 0,5 mm et elles ont un aspect comparable à des colonies de streptocoques. Sur gélose MRS**, six souches donnent des colonies lisses et une souche donne des colonies sèches et friables. Toutes les souches ont été isolées de pigeons. Cinq souches ont pour origine le jabot et deux souches proviennent de l'intestin. Quelques caractères permettant de différencier Lactobacillus ingluviei des autres espèces du genre Lactobacillus isolées du jabot des pigeons sont présentés dans le tableau I. Orientation bibliographique BAELE (M.), BAELE (P.), VANEECHOUTTE (M.), STORMS (V.), BUTAYE (P.), DEVRIESE (L.A.),VERSCHRAEGEN (G.), GILLIS (M.) et HAESEBROUCK (F.) : Application of tRNA intergenic spacer PCR for identification of Enterococcus species. J. Clin. Microbiol., 2000, 38, 4201-4207. BAELE (M.), DEVRIESE (L.A.) et HAESEBROUCK (F.) : Lactobacillus agilis is an important component of the pigeon crop flora. J. Appl. Microbiol., 2001, 91, 488-491. BAELE (M.), VANCANNEYT (M.), DEVRIESE (L.A.), LEFEBVRE (K.), SWINGS (J.) et HAESEBROUCK (F.) : Lactobacillus ingluviei sp. nov., isolated from the intestinal tract of pigeons. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 133-136. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. * : Le genre Lactobacillus : Le genre Lactobacillus est, quantitativement, le plus important des genres du groupe des bactéries lactiques (voir le fichier Lactobacillus in List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature). Les Lactobacillus sp. sont très hétérogènes et les diverses espèces présentent des caractères phénotypiques, biochimiques et physiologiques variés. Cette hétérogénéité est reflétée par les valeurs des G + C p. cent qui, selon les espèces, varient de 32 à 53. Les souches de lactobacilles sont constituées de bacilles à Gram positif, longs et fins (parfois incurvés) ou de coccobacilles dont la forme évoque une corynébactérie. Ils sont non sporulés, généralement immobiles (pour les souches mobiles, la ciliature est péritriche), micro-aérophiles (mais certaines souches sont anaérobies strictes à l'isolement), catalase négative, généralement nitrate réductase négative, possédant un métabolisme fermentatif (l'acide lactique représente au moins 50 p. cent des produits de fermentation) et présentant des exigences nutritionnelles complexes. En 1919, Orla-Jensen a proposé de diviser le genre en trois sous-genres : "Thermobacterium", "Streptobacterium" et "Betabacterium". Ces nomenclatures n'ont pas été retenues par les Approved Lists of Bacterial Names, elles n'ont pas été validées depuis le premier janvier 1980 et elles n'ont pas de statut dans la nomenclature. La classification de Orla-Jensen ne correspondait à aucune réalité taxonomique toutefois, elle est toujours utilisée en pratique même si les noms des sous-genres sont remplacés par des qualificatifs illustrant les caractéristiques de la fermentation. On distingue ainsi : . Les lactobacilles homofermentaires stricts (ancien sous-genre "Thermobacterium") qui dégradent les hexoses en acide lactique (exclusivement par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof), qui ne dégradent pas les pentoses et qui ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose ou du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires stricts (ancien sous-genre "Betabacterium") qui fermentent les hexoses (voie hétérofermentaire de la 6-phosphogluconate déshydrogénase / phosphocétolase) en acide lactique, acide acétique ou éthanol et CO2 et qui dégradent les pentoses (voie hétérofermentative de la glycéraldéhyde-3-phosphate / pyruvate kinase / lactate déshydrogénase) en acide acétique et en acide lactique. Ces bactéries produisent du CO2 lors de la fermentation du glucose et du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (ancien sous-genre "Streptobacterium") qui métabolisent les hexoses en acide lactique par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof et qui dégradent les pentoses par voie hétérofermentaire. Ils ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose mais ils en produisent lors de la fermentation du gluconate. Retour ** : Composition (pour 1 litre de milieu) de la gélose MRS (DeMan, Rogosa et Sharpe) : Glucose : 20,0 g Peptone : 10,0 g Agar : 10,0 g Extraits de viande de bœuf : 8,0 g Acétate de sodium, 3H2O : 5,0 g Extraits de levure : 4,0 g K2HPO4 : 2,0 g Citrate d'ammonium : 2,0 g MgSO4.7H2O : 0,2 g MnSO4.4H2O : 0,05 g Tween 80 : 1,0 mL Retour