Lactobacillus pantheris

Plus de 125 espèces ou sous-espèces ont été décrites dans le genre Lactobacillus*, mais compte tenu de la mise en évidence de synonymies et de remaniements taxonomiques ce genre comporte une centaine d'espèces ou sous-espèces différentes (voir le fichier Lactobacillus in List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature). Les Lactobacillus sp. sont associés aux muqueuses de l'homme et de l'animal et ils ont une importance considérable dans l'industrie agro-alimentaire (ferments, producteurs d'arômes, probiotiques...) ou dans l'industrie pharmaceutique (préparations visant à maintenir ou à restaurer les flores). La nomenclature de Lactobacillus pantheris a été validement publiée le 11 septembre 2002 pour deux souches de lactobacilles isolées de l'intestin de jaguars (Panthera onca**) élevés en captivité au zoo de Beijing (République Populaire de Chine). Ces deux souches ont été isolées lors de la recherche systématique de bactéries lactiques*** dans les fèces des animaux. L'étude phylogénétique (séquence de l'ADNr 16S), réalisée sur une seule des deux souches (la souche A24-2-1 = AS 1.2826 = LMG 21017 qui sera désignée comme la souche type de Lactobacillus pantheris), révèle une parenté avec la souche type de Lactobacillus manihotivorans et, dans une moindre mesure, avec les souches types de Paralactobacillus selangorensis et de Lactobacillus casei. Le pourcentage d'homologie entre la souche A24-2-1 et la souche type de Lactobacillus manihotivorans est de 95,2 p. cent ce qui suggère l'existence d'une nouvelle espèce (voir Stackebrandt et Goebel 1994). Le résultat de l'hybridation ADN - ADN, effectuée entre la souche A24-2-1 et la souche type de Lactobacillus manihotivorans, confirme l'existence d'une nouvelle espèce puisque le pourcentage d'homologie n'excède pas 13 p. cent. Les souches de Lactobacillus pantheris sont constituées de bacilles à Gram positif, de 0,5 m de diamètre sur 1,5 à 2,5 µm de longueur (mesures effectuées après 24 heures de culture en bouillon TPYG****), immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies, catalase négative, à métabolisme homofermentaire (fermentation sans gaz du glucose avec production exclusive d'acide D-lactique), hydrolysant l'arginine***** et l'esculine, acidifiant (recherche effectuée en galerie API 50CH après 24 heures d'incubation à 37 °C) l'arbutine, le cellobiose, le D-fructose, le galactose, le bêta-gentiobiose, la N-acétyl-glucosamine, le D-glucose, le lactose, le maltose, le D-mannose, la salicine, le D-tagatose et le tréhalose. La croissance est optimale pour un pH compris entre 6 et 6,4 (extrêmes de 4,5 à 7,5) et pour des températures comprises entre 30 et 37 °C. Une culture est obtenue à 10 °C, mais aucune culture ne se développe à 42 °C. Après 24 heures de croissance à 37 °C, les colonies obtenues sur gélose TPYG sont convexes, opaques, rugueuses, à contour irrégulier et leur diamètre est inférieur à 1 mm. Orientation bibliographique LIU (B.) et DONG (X.) : Lactobacillus pantheris sp. nov., isolated from faeces of a jaguar. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1745-1748. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. * : Le genre Lactobacillus Le genre Lactobacillus est, quantitativement, le plus important des genres du groupe des bactéries lactiques. Les Lactobacillus sp. sont très hétérogènes et les diverses espèces présentent des caractères phénotypiques, biochimiques et physiologiques variés. Cette hétérogénéité est reflétée par les valeurs des G + C p. cent qui, selon les espèces, varient de 32 à 55. Les souches de lactobacilles sont constituées de bacilles à Gram positif, longs et fins (parfois incurvés) ou de coccobacilles dont la forme évoque une corynébactérie. Ils sont non sporulés, généralement immobiles (pour les souches mobiles, la ciliature est péritriche), micro-aérophiles (mais certaines souches sont anaérobies strictes à l'isolement), catalase négative, généralement nitrate réductase négative, possédant un métabolisme fermentatif (l'acide lactique représente au moins 50 p. cent des produits de fermentation) et présentant des exigences nutritionnelles complexes. En 1919, Orla-Jensen a proposé de diviser le genre en trois sous-genres : "Thermobacterium", "Streptobacterium" et "Betabacterium". Ces nomenclatures n'ont pas été retenues par les Approved Lists of Bacterial Names, elles n'ont pas été validées depuis le premier janvier 1980 et elles n'ont pas de statut dans la nomenclature. La classification de Orla-Jensen ne correspondait à aucune réalité taxonomique toutefois, elle est toujours utilisée en pratique même si les noms des sous-genres sont remplacés par des qualificatifs illustrant les caractéristiques de la fermentation. On distingue ainsi : . Les lactobacilles homofermentaires stricts (ancien sous-genre "Thermobacterium") qui dégradent les hexoses en acide lactique (exclusivement par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof), qui ne dégradent pas les pentoses et qui ne produisent pas de dioxyde de carbone lors de la fermentation du glucose ou du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires stricts (ancien sous-genre "Betabacterium") qui fermentent les hexoses (voie hétérofermentaire de la 6-phosphogluconate déshydrogénase / phosphocétolase) en acide lactique, acide acétique ou éthanol et dioxyde de carbone et qui dégradent les pentoses (voie hétérofermentative de la glycéraldéhyde-3-phosphate / pyruvate kinase / lactate déshydrogénase) en acide acétique et en acide lactique. Ces bactéries produisent du dioxyde de carbone lors de la fermentation du glucose et du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (ancien sous-genre "Streptobacterium") qui métabolisent les hexoses en acide lactique par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof et qui dégradent les pentoses par voie hétérofermentaire. Ils ne produisent pas de dioxyde de carbone lors de la fermentation du glucose mais ils en produisent lors de la fermentation du gluconate. Retour ** : Panthera onca Classification (d'après le NCBI Taxonomy Browser) : Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Carnivora; Fissipedia; Felidae; Panthera; Panthera onca. Pour quelques renseignements sur cette espèce, voir le fichier Panthera onca sur le site de l'University of Michigan, Museum of Zoology Retour *** : Les bactéries lactiques Il n'existe pas de définition précise des bactéries lactiques mais, généralement, on regroupe sous ces termes des bacilles ou des coques à Gram positif, non sporulés, catalase négative, dépourvus de cytochrome, anaérobies mais parfois aérotolérants, de culture difficile, à métabolisme fermentatif, fermentant les sucres en produisant principalement de l'acide lactique. Les principaux genres inclus dans les bactéries lactiques sont les genres Aerococcus, Brochothrix, Carnobacterium, Enterococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Oenococcus, Paralactobacillus, Pediococcus, Streptococcus, Tetragenococcus, Vagococcus et Weissella. Retour **** : Milieu TPYG (Trypticase Phytone Yeast extract Glucose) D'après SCARDOVI (V.) : Genus Bifidobacterium Orla-Jensen 1924, 472AL. In : P.H.A. SNEATH, N.S. MAIR, M.E. SHARPE and J.G. HOLT (ed.) Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2, The Williams & Wilkins Co., Baltimore, 1986, pp. 1418-1434. Bouillon : Trypticase (BBL) : 10 g Phytone (BBL) : 5 g Glucose : 5 g Extraits de levure (Difco) : 2,5 g Tween 80 : 1 mL Hydrochlorure de cystéine : 0,5 g K2HPO4 : 2 g MgCl2 6 H2O : 0,5 g ZnSO4 7 H2O : 0,25 g CaCl2 : 0,15 g FeCl3 : trace Eau distillée : quantité suffisante pour 1000 mL Gélose : Formule identique au bouillon mais ajouter 15 g de gélose. Retour ***** : Hydrolyse de l'arginine : D'après BARROW (G.I.) et FELTHAM (R.K.A.) (éd;) : Cowan and Steel's Manual for the Identification of Medical Bacteria. Cambridge University Press, Cambridge, third edition, 1993, 331 pages. Ensemencer 5 mL d'un bouillon Arginine et, après 24 heures d'incubation, ajouter 0,25 mL du réactif de Nessler. Une réaction positive se traduit par une coloration brune. Bouillon Arginine : Peptone : 5 g Extraits de levure : 5 g K2HPO4 : 2 g Glucose : 0,5 g Arginine (chlorhydrate) : 3 g Eau distillée : 1000 mL Réactif de Nessler : Dissoudre 8 g d'iodure de potassium et 11,5 g d'iodure de mercure dans 20 mL d'eau distillée puis ajuster le volume à 50 mL avec de l'eau distillée. Ajouter 50 mL de soude 6 N. Laisser reposer 24 heures, conserver à l'abri de la lumière. Retour