Lactobacillus saerimneri

Le genre Lactobacillus* renferme plus d'une centaine d'espèces ou sous-espèces (voir le fichier "Lactobacillus" in "List of bacterial names with standing in nomenclature") associées aux muqueuses de l'homme et de l'animal et jouant un rôle important dans l'industrie agro-alimentaire (ferments, producteurs d'arômes, probiotiques...) ou dans l'industrie pharmaceutique (préparations visant à maintenir ou à restaurer les flores). La nomenclature de Lactobacillus saerimneri a été validement publiée le 23 juillet 2004 par Pedersen et Roos pour 7 souches bactériennes isolées des fèces de deux porcs élevés en Suède. Les 500 premières paires de bases des ARNr 16S des sept souches présentent entre elles 100 p. cent d'homologie. La séquence complète de l'ARNr 16S de la souche GDA154 (qui sera désignée comme la souche type de Lactobacillus saerimneri) permet de placer cette souche parmi les espèces du sous-groupe de Lactobacillus mali**. Au sein de ce sous-groupe, les espèces phylogénétiquement les plus proches sont Lactobacillus salivarius (95 p. cent d'homologie), Lactobacillus aviarius (94,8 p. cent d'homologie) et Lactobacillus mali (94,6 p. cent d'homologie). En accord avec les recommandations de Stackebrandt et Goebel, de tels pourcentages d'homologie permettent de décrire une nouvelle espèce. L'analyse électrophorétique des protéines cellulaires confirme également que la souche GDA154 est distincte des autres espèces du sous-groupe de Lactobacillus mali. Les souches de Lactobacillus saerimneri sont constituées de bacilles à Gram positif, immobiles, non sporulés, de 1 µm de diamètre sur 1,5 à 4 µm de longueur, se présentant de manière isolée ou groupés par deux, aéro-anaérobies, catalase négative, acidifiant le glucose sans production de gaz, produisant 75 p. cent de D-lactate et 25 p. cent de L-lactate. Le peptidoglycane est du type A1gamma (voir le fichier "Classification des peptidoglycanes selon Schleifer et Kandler") et le G + C p. cent de la souche type est de 42,9. En utilisant des galeries API 50CHL seuls la N-acétyl-glucosamine (réponse tardivement positive), le D-fructose, le D-glucose, le D-mannose, le saccharose, le tréhalose et le D-turanose sont acidifiés. Une croissance est obtenue pour des températures comprises entre 15 et 45 °C, mais la croissance est cependant faible à 15 °C. Après 48 heures d'incubation en anaérobiose et à 37 °C, les colonies obtenues sur une gélose MRS*** sont blanches avec un bord opaque, lisses, convexes et leur diamètre varie de 2 à 3 mm. L'absence conjointe d'acidification du galactose et de la salicine permet de distinguer Lactobacillus saerimneri des autres espèces placées dans le sous-groupe de Lactobacillus mali. Les souches de Lactobacillus saerimneri ont été isolées des fèces de porcs. Toutefois, la séquence de l'ARNr 16S de Lactobacillus saerimneri n'a pas été retrouvée lors de précédentes études analysant les séquences des ARNr 16S dans le tube digestif des porcs. Selon Pedersen et Roos, cette observation suggère que Lactobacillus saerimneri n'est pas un germe dominant de la flore digestive des porcs. Orientation bibliographique LESER (T.D.), AMENUVOR (J.Z.), JENSEN (T.K.), LINDECRONA (R.H.), BOYE (M.) et MØLLER (K.) : Culture-independent analysis of gut bacteria: the pig gastrointestinal tract microbiota revisited. Appl. Environ. Microbiol., 2002, 68, 673-690. PEDERSEN (C.) et ROOS (S.) : Lactobacillus saerimneri sp. nov., isolated from pig faeces. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1365-1368. PRYDE (S.E.), RICHARDSON (A.J.), STEWART (C.S.) et FLINT (H.J.) : Molecular analysis of the microbial diversity present in the colonic wall, colonic lumen, and cecal lumen of a pig. Appl. Environ. Microbiol., 1999, 65, 5372-5377. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. Le genre Lactobacillus : Le genre Lactobacillus est, quantitativement, le plus important des genres du groupe des bactéries lactiques. Les Lactobacillus sp. sont très hétérogènes et les diverses espèces présentent des caractères phénotypiques, biochimiques et physiologiques variés. Cette hétérogénéité est reflétée par les valeurs des G + C p. cent qui, selon les espèces, varient de 32 à 53. Les souches de lactobacilles sont constituées de bacilles à Gram positif, longs et fins (parfois incurvés) ou de coccobacilles dont la forme évoque une corynébactérie. Ils sont non sporulés, généralement immobiles (pour les souches mobiles, la ciliature est péritriche), micro-aérophiles (mais certaines souches sont anaérobies strictes à l'isolement), catalase négative, généralement nitrate réductase négative, possédant un métabolisme fermentatif (l'acide lactique représente au moins 50 p. cent des produits de fermentation) et présentant des exigences nutritionnelles complexes. En 1919, Orla-Jensen a proposé de diviser le genre en trois sous-genres : "Thermobacterium", "Streptobacterium" et "Betabacterium". Ces nomenclatures n'ont pas été retenues par les Approved Lists of Bacterial Names, elles n'ont pas été validées depuis le premier janvier 1980 et elles n'ont pas de statut dans la nomenclature. La classification de Orla-Jensen ne correspondait à aucune réalité taxonomique toutefois, elle est toujours utilisée en pratique même si les noms des sous-genres sont remplacés par des qualificatifs illustrant les caractéristiques de la fermentation. On distingue ainsi : . Les lactobacilles homofermentaires stricts (ancien sous-genre "Thermobacterium") qui dégradent les hexoses en acide lactique (exclusivement par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof), qui ne dégradent pas les pentoses et qui ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose ou du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires stricts (ancien sous-genre "Betabacterium") qui fermentent les hexoses (voie hétérofermentaire de la 6-phosphogluconate déshydrogénase / phosphocétolase) en acide lactique, acide acétique ou éthanol et CO2 et qui dégradent les pentoses (voie hétérofermentative de la glycéraldéhyde-3-phosphate / pyruvate kinase / lactate déshydrogénase) en acide acétique et en acide lactique. Ces bactéries produisent du CO2 lors de la fermentation du glucose et du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (ancien sous-genre "Streptobacterium") qui métabolisent les hexoses en acide lactique par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof et qui dégradent les pentoses par voie hétérofermentaire. Ils ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose mais ils en produisent lors de la fermentation du gluconate. Retour Le sous-groupe de Lactobacillus mali Le sous-groupe de Lactobacillus mali renferme Lactobacillus acidipiscis, Lactobacillus agilis, Lactobacillus algidus, Lactobacillus animalis, Lactobacillus aviarius, Lactobacillus cypricasei, Lactobacillus equi, Lactobacillus mali, Lactobacillus murinus, Lactobacillus nagelii, Lactobacillus ruminis, Lactobacillus saerimneri et Lactobacillus salivarius. Retour Composition (pour 1 litre de milieu) de la gélose MRS (DeMan, Rogosa et Sharpe) : Glucose : 20,0 g Peptone : 10,0 g Agar : 10,0 g Extraits de viande de bœuf : 8,0 g Acétate de sodium, 3H2O : 5,0 g Extraits de levure : 4,0 g K2HPO4 : 2,0 g Citrate d'ammonium : 2,0 g MgSO4.7H2O : 0,2 g MnSO4.4H2O : 0,05 g Tween 80 : 1,0 mL Retour