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Créé le 28 septembre 2005

STAPHYLOCOCCUS SIMIAE

L'analyse bactériologique des fèces ou d'écouvillonnages rectaux de singes écureuils* (Saimiri sciureus), maintenus en captivité au zoo d'Olomouc (République Tchèque), a permis d'isoler huit souches de staphylocoques dont les caractères phénotypiques ne permettaient pas l'identification.

Les séquences des ARNr 16S des souches CCM 7229 et CCM 7213 (future souche type de l'espèce Staphylococcus simiae) sont identiques. Elles présentent 99 p. cent d'homologie avec la souche type de Staphylococcus aureus et elles appartiennent donc au "groupe Staphylococcus aureus" tel qu'il est défini par Takahashi et al.
L'étude de la séquence du gène codant pour la protéine HSP60 (protéine du choc thermique de 60 kDa) confirme la parenté phylogénétique avec Staphylococcus aureus (88 p. cent d'homologie).
L'étude des ribotypes, l'analyse électrophorétique des protéines, l'analyse des espaces intergéniques 16S-23S ou la technique ERIC-PCR confirment que ces huit souches forment un groupe indépendant au sein du genre Staphylococcus.

Les souches CCM 7213 et CCM 7214 présentent entre elles 100 p. cent d'homologie ADN-ADN. En revanche, les pourcentages d'hybridation obtenus avec les souches types des taxons phylogénétiquement les plus proches** sont inférieurs à 28.
Les souches isolées des singes écureuils forment donc une nouvelle genomospecies (voir le fichier ¤ "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Cette genomospecies peut être identifiée par ses caractères phénotypiques si bien que Pantucek et al. proposent de les placer dans une nouvelle espèce, Staphylococcus simiae dont la nomenclature a été validement publiée le 14 septembre 2005.

Les caractères bactériologiques ont été étudiés selon les recommandations du "Sous-comité de taxonomie des staphylocoques et des streptocoques***.

Les souches de Staphylococcus simiae sont constituées de coques à Gram positif, de 0,7 à 0,8 µm de diamètre, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou en amas irréguliers, immobiles, non sporulés, aéro-anaérobies, cultivant en anaérobiose dans un milieu glucosé semi-solide au thioglycolate, catalase positive, oxydase négative, coagulase négative, sensibles à la lysostaphine, à la novobiocine et à la furazolidone, résistants à la bacitracine et à la polymyxine B.

Toutes les souches donnent une réponse négative aux tests clumping factor, DNase thermostable et DNase thermolabile. Elles ne produisent pas d'entérotoxines (SEA, SEB, SEC₁, SEC₂, SED ou SEE), elles ne synthétisent pas la toxine TSST-1 (responsable du choc toxique staphylococcique) et les gènes codant pour ces différentes toxines sont absents.

La majorité des caractères biochimiques a été étudiée à l'aide de galeries API (API Staph, ID32 Staph et API ZYM).

. Un résultat positif est obtenu avec les tests réduction des nitrates, uréase, phosphatase alcaline, phosphatase acide, leucine arylamidase, estérase (C4), estérase lipase (C8), acidification en aérobiose du D-fructose, du galactose, de la N-acétylglucosamine (résultat positif après 48 heures d'incubation), du D-glucose, du lactose, du D-maltose, du D-mannitol, du mélézitose (résultat positif après 48 heures d'incubation), du saccharose, du D-tréhalose et du D-turanose.

. Un résultat négatif est noté pour les tests VP, ornithine décarboxylase, arginine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, pyrrolidonyl arylamidase, lipase (C14), N-acétyl-bêta-glucosaminidase, alpha-fucosidase, bêta-galactosidase, alpha-glucosidase, alpha-mannosidase, bêta-glucuronidase, hydrolyse de l'élastine, hydrolyse de l'esculine, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la tyrosine, acidification en anaérobiose du D-mannitol, acidification en aérobiose du D-cellobiose, du méthyle alpha-D-glucoside, du D-raffinose, du D-mannose, du D-mélibiose, du D-ribose et du xylitol.

. Les tests ADH, lécithinase, gélatinase, hydrolyse de la caséine, hydrolyse du Tween 80, acidification du L-arabinose, du sorbitol et du D-xylose donnent une réponse variable selon les souches.

. Les résultats des tests bêta-galactosidase et bêta-glucosidase sont variables selon les substrats utilisés.

Une croissance est obtenue à 15 °C, à 45 °C et en présence de 12 p. cent de NaCl.
Après 24 heures d'incubation à 36,5 °C, les colonies obtenues sur une gélose P**** sont de couleur blanche, circulaires, à contour régulier, lisses, brillantes, plates avec un centre légèrement convexe et leur diamètre est compris entre 1 et 1,5 mm.

L'habitat de Staphylococcus simiae semble être l'intestin des singes écureuils. Le pouvoir pathogène de cette espèce reste inconnu même si une souche a été isolée d'un animal malade (Cf. infra).

Cinq des huit souches ont été isolées en avril 2000 des fèces et d'écouvillonnages rectaux de singes du zoo d'Olomouc. Un des singes écureuils présentait une diarrhée et une hémorragie du rectum. En dépit d'une réhydratation et d'un traitement antibiotique (gentamicine et nétilmicine), l'animal est mort en cinq jours.

Les trois autres souches ont été isolées en juin 2004 des fèces de singes écureuils sains, importés de Guyane et maintenus en quarantaine. Aucun de ces singes n'a été en contact avec les autres animaux du zoo.

La souche "Staphylococcus sp. 5", préalablement isolée de la peau d'un singe écureuil, pourrait être une souche de Staphylococcus simiae.

Les souches de Staphylococcus simiae ont été isolées sur des géloses trypticase-soja au sang de mouton.

Staphylococcus simiae est phénotypiquement proche de Staphylococcus piscifermentans. Cependant, il se différencie de cette espèce car il est résistant à la polymyxine B, il cultive à 45 °C, il n'hydrolyse ni l'esculine ni l'ADN, il acidifie le D-mannitol (caractère variable pour Staphylococcus piscifermentans) et il donne une réponse négative aux tests alpha-glucosidase et bêta-glucosidase.

Quelques caractères permettant de différencier Staphylococcus simiae de quelques espèces du genre Staphylococcus isolées des singes écureuils sont donnés dans le tableau I.

Trois des huit souches sont résistantes à la tétracycline, mais toutes les souches sont sensibles à la pénicilline, à l'oxacilline, à l'association amoxicilline-acide clavulanique, à l'érythromycine, à l'association triméthoprime-sulfaméthoxazole, au chloramphénicol, à la clindamycine, à la gentamicine, à la teicoplanine, à la vancomycine, à la ciprofloxacine et à la rifampicine.

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L'omission de certains signes diacritiques dans les noms d'auteurs est liée aux limites du logiciel utilisé par l'auteur de ce fichier.

TAKAHASHI (T.), SATOH (I) et KIKUCHI (N.) : Phylogenetic relationships of 38 taxa of the genus Staphylococcus based on 16S rRNA gene sequence analysis. Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 725-728.