Phocoenobacter

Systématique L'état de santé des mammifères marins peut refléter l'impact des activités humaines sur l'environnement et, à ce titre, les "Scottish Agriculture College Veterinary Services" procèdent à l'examen post-mortem des animaux échoués sur les côtes écossaises. Ces examens sont réalisés selon un protocole mis au point par le "United Kingdom marine mammal stranding project". En 1996 et en 1998, ces analyses systématiques avaient permis de décrire trois nouveaux taxons : Actinobacillus delphinicola, Cetobacterium ceti et Actinobacillus scotiae. En 2000, la même équipe rapporte la caractérisation d'une nouvelle bactérie appartenant à la famille des Pasteurellaceae. Une souche d'un bacille à Gram négatif, aéro-anaérobie a été isolée d'un marsouin (Phocoena phocoena) échoué sur les plages écossaises. Le séquençage des gènes codant pour l'ARNr 16S et la comparaison de cette séquence avec les données de la base EMBL révèlent une parenté avec les Pasteurellaceae (homologie de séquence supérieure à 91 p. cent avec les membres de cette famille). Les bactéries phylogénétiquement les plus proches étant Haemophilus ducreyi et, dans une moindre mesure, Pasteurella testudinis. Les hybridations ADN - ADN n'ont pas été réalisées mais, l'analyse des séquences des ARNr 16S montre une divergence supérieure à 5 p. cent avec les représentants des Pasteurellaceae ce qui, en accord avec les propositions de Stackebrandt et Goebel, suggère que cette bactérie constitue une nouvelle espèce. Les auteurs estiment que cette nouvelle espèce présente suffisamment de divergences avec les autres membres de la famille des Pasteurellaceae pour être placée dans un nouveau genre et ils valident les appellations de Phocoenobacter et de Phocoenobacter uteri. Il convient de remarquer que le genre Phocoenobacter est le troisième genre de la famille des Pasteurellaceae décrit depuis 1996 (le genre Lonepinella a été validement publié en 1996 et le genre Mannheimia en 1999). La taxonomie de cette famille est particulièrement délicate, le positionnement des espèces au sein des genres a été souvent effectué sur des critères qui ne sont plus reconnus comme valables et il faut s'attendre à des changements majeurs dont on peut espérer qu'ils vont clarifier la situation mais qui vont perturber les habitudes des bactériologistes et des cliniciens. On peut également noter, que la description de ce nouveau taxon repose sur une unique souche ce qui n'est pas toléré pour d'autres groupes bactériens (par exemple, le sous-comité de taxonomie des Staphylococcus recommande l'étude d'au moins cinq souches avant de proposer la description d'une nouvelle espèce ; voir Freney et al. 1999). Caractères bactériologiques L'unique souche de Phocoenobacter uteri est constituée de bacilles à Gram négatif, polymorphes, immobiles, aéro-anaérobies, catalase négative et oxydase positive. Les caractères biochimiques ont été étudiés selon des techniques classiques et en utilisant des galeries API 20E, API 20NE et API ZYM. Les résultats sont les suivants : Caractères positifs : nitrate réductase, VP, bêta-galactosidase et acidification* du glucose. Caractères négatifs : exigence en facteur X ou V, nitrite réductase, uréase, indole, ADH, LDC, ODC, acidification* de l'adonitol, du dulcitol, du galactose, de l'inositol, de l'inuline, du lactose, du maltose, du mannose, du mannitol, du mélibiose, du raffinose, du rhamnose, du saccharose, de la salicine, du sorbitol, du tréhalose et du xylose. En galerie API 20E, seul le test VP est positif et en galerie API 20 NE seule la recherche de la nitrate réductase est positive. En galerie API ZYM, une réponse fortement positive est observée pour les tests phosphatase alcaline, estérase lipase (C8), phosphatase acide et naphtol-AS-BI-phosphohydrolase. Une réaction faiblement positive est obtenue pour la production d'une estérase (C4) et d'une leucine arylamidase. Les principaux caractères permettant de différencier le genre Phocoenobacter des autres genres de la famille des Pasteurellaceae sont donnés dans le tableau I. Après 48 heures d'incubation à 37 °C dans une atmosphère enrichie de 10 p. cent de CO2, les colonies obtenues sur une gélose Columbia contenant 5 p. cent de sang de mouton sont lisses, grisâtres, légèrement convexes, circulaires, non hémolytiques et d'un diamètre de 0,5 mm. La croissance est également observée après incubation en anaérobiose, après incubation dans une atmosphère normale (non enrichie en CO2), après incubation à 22 °C ou sur une gélose trypticase soja ne contenant ni sang ni sérum (culture faible). La bactérie ne cultive ni à 42 °C ni en l'absence de NaCl ni sur gélose de MacConkey ni sur gélose Columbia en l'absence de sang ou de sérum. Habitat et pouvoir pathogène L'unique souche de Phocoenobacter uteri a été isolée d'un écouvillonnage utérin pratiqué sur un cadavre de marsouin (Phocoena phocoena). Son pouvoir pathogène est inconnu; Orientation bibliographique FOSTER (G.), ROSS (H.M.), MALNICK (H.), WILLEMS (A.), HUTSON (R.A.), REID (R.J.) and COLLINS (M.D.): Phocoenobacter uteri gen. nov., sp. nov., a new member of the family Pasteurellaceae Pohl (1979) 1981 isolated from a harbour porpoise (Phocoena phocoena). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 135-139. FRENEY (J.), KLOOS (W.E.), HAJEK (V.), WEBSTER (J.A.), BES (M.), BRUN (Y.) et VERNOZY-ROZAND (C.) : Recommended minimal standards for description of new staphylococcal species. Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 489-502. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. * : Recherche de l'acidification des sucres : (D'après : FOSTER (G.), ROSS (H.M.), MALNICK (H.), WILLEMS (A.), GARCIA (P.), REID (R.J.) et COLLINS (M.D.) : Actinobacillus delphinicola sp. nov., a new member of the family Pasteurellaceae Pohl (1979) 1981 isolated from sea mammals. Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 648-652.) . Milieu : eau peptonée (1 p. cent de Bacto Peptone Difco et 0,5 p. cent de NaCl) contenant 1 p. cent d'indicateur d'Andrade et le sucre à étudier à la concentration finale de 1 p. cent. . Technique : Préparer une suspension dense du germe (prélevé sur une gélose Columbia au sang de mouton) dans 0,5 mL de milieu. Incuber 24 heures dans un bain-marie à 37 °C. Retour