Salegentibacter, salegentibacter holothurium

Autre dénomination: Salegentibacter salegens : Flavobacterium salegens. Le genre Salegentibacter et l'espèce Salegentibacter salegens ont été validement publiés le 10 mai 2000 pour reclasser une espèce préalablement connue sous le nom de Flavobacterium salegens. Les souches de Salegentibacter salegens ont été isolées d'un lac méromictique*, salé de l'Antarctique. Le 23 juillet 2004, Nedashkovskaya et al. valident la publication de l'espèce Salegentibacter holothuriorum ce qui confère au genre Salegentibacter une importance (toute relative) en biologie vétérinaire. L'unique souche de Salegentibacter holothuriorum, la souche KMM 3524, a été isolée d'un concombre de mer (Apostichopus ou Stichopus japonicus**) péché dans le golf Pierre le Grand (Baie de Troitsa, Mer du Japon). La séquence de l'ARNr 16S de la souche KMM 3524 présente 98,1 p. cent d'homologie avec la séquence de la souche type de Salegentibacter salegens. Un tel résultat permet de placer cette souche dans le genre Salegentibacter, mais pas de décrire une nouvelle espèce (voir Stackebrandt et Goebel). Les hybridations ADN-ADN, effectuées entre la souche KMM 3524 et la souche type de Salegentibacter salegens, révèlent une homologie de 38 p. cent et montrent que la souche KMM 3524 constitue une nouvelle genomospecies (voir le fichier "Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne"). Les caractères phénotypiques différencient facilement la souche KMM 3524 de Salegentibacter salegens ce qui autorise Nedashkovskaya et al. à décrire la nouvelle espèce Salegentibacter holothuriorum. Le genre Salegentibacter regroupe des bacilles à Gram négatif, immobiles, non sporulés, chimio-organotrophes, à métabolisme strictement respiratoire, catalase positive, oxydase positive et dont la principale ménaquinone respiratoire est une ménaquinone à 6 unités isoprénoïdes. La culture des Salegentibacter sp. ne nécessite pas de facteur de croissance. Ce sont des bactéries halophiles, psychrotolérantes, ne produisant pas de flexirubine, donnant des colonies pigmentées en jaune. Le G + C p. cent varie de 36,8 à 38. Le genre Salegentibacter est considéré comme un genre de la famille des Flavobacteriaceae. Les principaux caractères permettant de distinguer le genre Salegentibacter des autres genres de la famille des Flavobacteriaceae sont donnés dans le tableau I. Outre les caractères du genre Salegentibacter, Salegentibacter holothuriorum cultive dans des milieux contenant entre 1 et 8 p. cent de NaCl et pour des températures comprises entre 4 et 37 °C. Sur le milieu Marine Agar 2216 incubé à 28 °C, les colonies sont circulaires, jaunes, convexes, brillantes, à contour régulier et leur diamètre est compris entre 1 et 3 mm. D'autres caractères ainsi que les caractères permettant de différencier Salegentibacter salegens et Salegentibacter holothuriorum sont donnés dans le tableau II. Orientation bibliographique DOBSON (S.J.), COLWELL (R.R.), McMEEKIN (T.A.) et FRANZMANN (P.D.) : Direct sequencing of the polymerase chain reaction-amplified 16S rRNA gene of Flavobacterium gondwanense sp. nov. and Flavobacterium salegens sp. nov., two new species from a hypersaline Antarctic lake. Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 77-83. McCAMMON (S.A.) et BOWMAN (J.P.) : Taxonomy of Antarctic Flavobacterium species: description of Flavobacterium gillisiae sp. nov., Flavobacterium tegetincola sp. nov. and Flavobacterium xanthum sp. nov., nom. rev., and reclassification of [Flavobacterium] salegens as Salegentibacter salegens gen. nov., comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1055-1063. NEDASHKOVSKAYA (O.I.), SUZUKI (M.), VANCANNEYT (M.), CLEENWERCK (I.), ZHUKOVA (N.V.), VYSOTSKII (M.V.), MIKHAILOV (V.V.) et SWINGS (J.) : Salegentibacter holothuriorum sp. nov, isolated from the edible holothurian Apostichopus japonicus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, 54, 1107-1110. STACKEBRANDT (E.) et GOEBEL (B.M.) : Taxonomic note: A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Bacteriol., 1994, 44, 846-849. * : Les lacs méromictiques Dans la plupart des lacs, les eaux de surface se mélangent aux eaux profondes. Ce phénomène est lié au vent mais surtout à la densité de l'eau. L'eau possède une densité maximale pour une température de + 4 °C. Durant les mois froids, les eaux de surface coulent et déplacent les eaux profondes. Dans de tels lacs, les nutriments et l'oxygène se répartissent de manière homogène. Le lac est qualifié de monomictique si le mélange des eaux a lieu une seule fois par an et de dimictique si le mélange des eaux a lieu deux fois par an. Les lacs méromictiques, dont le nombre est estimé à moins de 200, se caractérisent par le fait que leurs eaux ne se mélangent pas. Ce sont généralement de petits lacs, abrités du vent, de profondeur moyenne, mais dont les rives sont escarpées. Les lacs méromictiques sont des lacs stratifiés, dont les eaux profondes ne sont pas renouvelées, si bien qu'elles deviennent putrides et qu'elles ne contiennent pas d'oxygène. Les lacs méromictiques peuvent libérer de manière brutale de grandes quantités de dioxyde de carbone, de méthane et d'autres gaz. Ainsi, le 21 août 1986, l'explosion gazeuse du Lac Nyos (au nord-ouest du Cameroun) a dégagé un kilomètre cube de gaz cabonique et a provoqué 1746 morts ainsi que la perte d'un important cheptel. Retour ** : Apostichopus (ou Stichopus) japonicus Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Metazoa ; Eumetazoa ; Bilateria ; Coelomata ; Deuterostomia ; Echinodermata ; Eleutherozoa ; Echinozoa ; Holothuroidea ; Aspidochirotacea ; Aspidochirotida ; Stichopodidae ; Stichopus (ou Apostichopus) ; Stichopus (ou Apostichopus) japonicus. Pour un bref commentaire concernant le nom de genre (Stichopus ou Apostichopus) voir le fichier About the Latin name of the Japanese sea cucumber Le concombre de mer est un aliment très apprécié des asiatiques et notamment des chinois et des japonais. De plus, des travaux scientifiques suggèrent que Apostichopus japonicus pourrait être utilisé pour le traitement de certains cancers (lymphomes, cancers du sein). Au Japon on consomme soit l'animal entier conservé dans du vinaigre ("Sunomono") soit l'animal entier puis séché ("Iriko") soit les intestins coupés en tranches et salés ("Konowata") soit les ovaires séchés ("Konoko"). En Chine, on consomme l'animal séché vendu sous le nom de "Haisheng" (ginseng de mer). Après nettoyage et éviscération, les concombres de mer sont bouillis, salés, puis à nouveau bouillis et enfin séchés au soleil. Compte tenu de son importance, Apostichopus japonicus fait l'objet d'un élevage en Chine, au Japon, aux Indes, en Indonésie, aux Philippines et en République de Corée. La FAO a publié un document très intéressant concernant l'élevage du concombre de mer. Voir, Sea cucumber culture. Pour une photographie de cette espèce, voir Stichopus japonicus sur le site du National Science Museum, Tokyo. Retour