Flavobacterium

Autres dénominations : Flavobacterium branchiophilum : Flavobacterium branchiophila. Flavobacterium columnare : "Bacillus columnaris", "Chondrococcus columnaris", Cytophaga columnaris, Flexibacter columnaris. Flavobacterium hydatis : Cytophaga aquatilis. Flavobacterium johnsoniae : "Cytophaga johnsonii", Cytophaga johnsonae. Flavobacterium psychrophilum : Cytophaga psychrophila, Flexibacter psychrophilus. Flavobacterium succinicans : "Cytophaga succinicans", "Flexibacter succinicans". Systématique Dans le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, les genres Flavobacterium, Cytophaga et Flexibacter sont étudiés dans différentes sections bien qu’ils appartiennent à une même branche de l’arbre phylogénétique du domaine (ou de l’empire) des Bacteria. Selon les auteurs, cette branche est qualifiée de subdivision ou de phylum des bacteroides-flavobactéries, de groupe ou de phylum des Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides, de groupe des Flavobacterium-Cytophaga ou de superfamille V. En 1996, Bernardet et al. publient une étude très détaillée, intéressant plus de 100 souches bactériennes (dont 81 appartiennent aux genres Flavobacterium, Cytophaga ou Flexibacter) et dont les principaux résultats conduisent à une nouvelle définition du genre Flavobacterium et de la famille des Flavobacteriaceae. Caractères bactériologiques Outre les caractères de la famille des Flavobacteriaceae, le genre Flavobacterium présente les caractères suivants : - La plupart des espèces cultivent en aérobiose sur gélose nutritive ou sur gélose trypticase soja et, à l’exception de Flavobacterium flevense, aucune culture n’est obtenue sur une gélose à l’eau de mer. La température optimale de croissance varie de 20 à 30 °C à l’exception de Flexibacter psychrophilum dont la croissance est optimale entre 15 et 18 °C. Les colonies sont généralement pigmentées en jaune (la couleur des colonies peut varier de la couleur beige à orange) mais certaines souches ne produisent pas de pigment. - Le métabolisme est de type respiratoire. Un caractère positif est noté pour les tests catalase, oxydase (sauf Flavobacterium saccharophilum), acidification des sucres (sauf Flavobacterium columnare et Flavobacterium psychrophilum), hydrolyse de la gélatine (sauf Flavobacterium flevense) et de la caséine (sauf Flavobacterium flevense). Flavobacterium flevense et Flavobacterium saccharophilum dégradent l’agar. Aucune souche n’est indologène. - Les principaux caractères permettant de différencier le genre Flavobacterium des genres apparentés sont donnés sur le tableau I. Habitat et pouvoir pathogène L’habitat principal est constitué par le milieu extérieur mais quelques espèces ont un pouvoir pathogène. Les principales espèces d'intérêt vétérinaire sont indiquées ci-dessous. - Flavobacterium branchiophilum. - Flavobacterium columnare. - Flavobacterium hydatis est la dénomination actuelle de Cytophaga aquatilis (l’épithète aquatilis a dû être changée en hydatis car la nomenclature de Flavobacterium aquatile existait déjà). C’est un bacille de 0,4 à 0,6 mm de diamètre sur 2 à 6 mm de longueur (mais des formes plus longues sont parfois observées), mobile par glissement, aéro-anaérobie, catalase, oxydase et nitrate réductase positives, ONPG positif, fortement protéolytique (mais n’hydrolysant pas la lécithine), dégradant l’esculine, le glycogène et la chitine, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et phénylalanine désaminase négatives, fermentant de nombreux sucres mais ni l’inositol ni le sorbose ni le sorbitol. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 2 4 1 4 5 2 0 0 4 5 0 0 0 4 0 2 0 0. D’autres caractères figurent dans le tableau II. Le germe cultive sur gélose trypticase soja à des températures comprises entre 5 et 30 °C et donne des colonies pigmentées en jaune ou en orange lorsque l’incubation est réalisée en aérobiose et des colonies non pigmentées ou de couleur légèrement crème lorsque l’incubation a lieu en anaérobiose. Flavobacterium hydatis a été isolé de salmonidés atteints de la maladie des branchies dans un élevage du Michigan. Peu de travaux ont été consacrés à cette espèce et à son pouvoir pathogène qui est considéré comme incertain. - Le taxon Flavobacterium johnsoniae réunit les souches de Cytophaga johnsonae et de Flexibacter aurantiacus. Cette bactérie mesure de 0,3 à 0,4 mm de diamètre sur 1,5 à 15 mm de longueur, elle est aérobie stricte, faiblement catalase positive, ONPG positive, fortement protéolytique, hydrolysant l’esculine, la chitine, la tributyrine, la tyrosine et le Tween. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 1 3 1 5 5 2 1 1 4 5 0 3 0 4 1 4 0 0. D’autres caractères figurent dans le tableau II. Flavobacterium johnsoniae cultive sur gélose nutritive et sur gélose trypticase soja. L’aspect des colonies est variable selon les milieux (colonies convexes à contour régulier ou colonies plus grosses ayant tendance à l’étalement) mais généralement elles sont pigmentées en jaune-orangé. D'autres caractères figurent dans le tableau II. Flavobacterium johnsoniae est fréquemment isolé du sol, de l’eau douce et de lésions superficielles de la peau des poissons. Cette bactérie est généralement considérée comme peu pathogène mais récemment on lui a attribué la responsabilité d’infections cutanées superficielles mais extensives, observées dans des élevages intensifs de perches (Lates calcarifer). - Flavobacterium psychrophilum. - Flavobacterium succinicans est un bacille de 0,5 mm de diamètre sur 4 à 6 mm de longueur, mobile par glissement, aéro-anérobie, catalase variable (souvent négative) oxydase positive mais faible, hydrolysant la caséine, liquéfiant lentement la gélatine, fermentant rapidement le galactose, le glucose, le maltose et le mannose, ne fermentant ni le fructose ni l’inuline ni le raffinose ni la salicine ni le sorbose ni le xylose. En plaque API ZYM, les scores obtenus avec la souche type sont : 5 3 3 0 4 4 2 1 0 5 5 0 0 0 4 2 4 0 0. D'autres caractères figurent dans le tableau II. La température optimale de croissance est de 25 °C mais la culture peut être obtenue à 2 °C ou à 30 °C. En revanche, le germe ne cultive pas à 37 °C. Les colonies ont une taille de 10 à 15 mm et elles présentent une tendance à l’étalement. Flavobacterium succinicans est isolé de l’eau et de lésions superficielles notamment chez des salmonidés. Le pouvoir pathogène de cette espèce n’a pas fait l’objet de travaux particuliers mais Reichenbach estime qu’elle est non pathogène. Orientation bibliographique BERNARDET (J.F.), SEGERS (P.), VANCANNEYT (M.), BERTHE (F.), KERSTERS (K.) et VANDAMME (P.) : Cutting a Gordian knot: emended classification and description of the genus Flavobacterium, emended description of the family Flavobacteriaceae, and proposal of Flavobacterium hydatis nom. nov. (Basonym, Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978). Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 128-148. CARSON (J.), SCHMIDTKE (L.M.) et MUNDAY (B.L.) : Cytophaga johnsonae: a putative skin pathogen of juvenile farmed barramundi, Lates calcarifer Bloch. J. Fish. Dis., 1993, 16, 209-218. 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