Flavobacteriaceae

Dans le "Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology", les genres Flavobacterium, Cytophaga et Flexibacter sont étudiés dans différentes sections bien qu’ils appartiennent à une même branche de l’arbre phylogénétique du domaine (ou de l’empire) des Bacteria. Selon les auteurs, cette branche est qualifiée de subdivision ou de phylum des "bacteroides-flavobactéries", de groupe ou de phylum des "Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides", de groupe des "Flavobacterium-Cytophaga" ou de "superfamille V". En 1996, Bernardet et al. publient une étude très détaillée, intéressant plus de 100 souches bactériennes (dont 81 appartiennent aux genres Flavobacterium, Cytophaga ou Flexibacter) et dont les principaux résultats conduisent à une nouvelle définition de la famille des Flavobacteriaceae et du genre Flavobacterium. La famille des Flavobacteriaceae est constituée des genres Bergeyella, Capnocytophaga, Coenonia, Chryseobacterium, Empedobacter, Flavobacterium, Ornithobacterium, Riemerella et Weeksella ainsi que de l’espèce Flavobacterium odoratum (qui n’est certainement pas un représentant du genre Flavobacterium) et des espèces phylogénétiquement proches de Flexibacter maritimus (qui n’est certainement pas une espèce du genre Flexibacter). Les représentants de cette famille sont des bacilles à Gram négatif, non sporulés, de 0,3 à 0,6 mm de diamètre sur 1 à 10 mm de longueur, pouvant éventuellement former des cellules filamenteuses et pouvant donner des formes coccoïdes dans les vieilles cultures. Toutes les souches sont dépourvues de flagelle mais une mobilité par glissement est observée pour les souches des genres Capnocytophaga, Flavobacterium (sauf Flavobacterium branchiophilum et Flavobacterium odoratum) et pour les souches des espèces phylogénétiquement proches de Flexibacter maritimus. La croissance est obtenue à des températures de 25 à 37 °C et en aérobiose sauf pour les espèces des genres Capnocytophaga, Coenonia, Ornithobacterium et Riemerella qui préfèrent ou exigent des conditions de microaérophilie ou d’anaérobiose. Les colonies sont pigmentées à l'exception des souches des genres Bergeyella, Coenonia, Ornithobacterium et Weeksella et des souches de Riemerella anatipestifer. Le métabolisme est chimio-organotrophe, la cellulose n’est jamais hydrolysée. Le G + C p. cent des espèces est compris entre 29 et 45. L’habitat principal est constitué par le milieu extérieur mais quelques espèces sont isolées de l’homme ou de l’animal et peuvent être pathogènes. Le genre type est le genre Flavobacterium. Orientation bibliographique BERNARDET (J.F.), SEGERS (P.), VANCANNEYT (M.), BERTHE (F.), KERSTERS (K.) et VANDAMME (P.) : Cutting a Gordian knot: emended classification and description of the genus Flavobacterium, emended description of the family Flavobacteriaceae, and proposal of Flavobacterium hydatis nom. nov. (Basonym, Cytophaga aquatilis Strohl and Tait 1978). Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 128-148. VANDAMME (P.), VANCANNEYT (M.), SEGERS (P.), RYLL (M.), KÖHLER (B.), LUDWIG (W.) and HINZ (K.H.): Coenonia anatina gen. nov., sp. nov., a novel bacterium associated with respiratory disease in ducks and geese. Int. J. Syst. Bacteriol., 1999, 49, 867-874.