Halomonas

Autres dénominations : Onze espèces du genre Halomonas correspondent à de nouvelles combinaisons. Les anciennes nomenclatures sont données dans le fichier Halomonas in List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature. Voir aussi le fichier Halomonas aquamarina. Le genre Halomonas a été proposé en 1980 pour accueillir des bacilles à Gram négatif, mobiles, aéro-anaérobies, halotolérants, pouvant supporter jusqu'à 32 p. cent de NaCl. À l'origine, ce genre était réduit à son espèce type, Halomonas elongata. En 1988, Franzmann et al. placent les genres Halomonas et Deleya au sein de la famille des Halomonadaceae*. Entre les années 1987 et 1995, le genre Halomonas s'enrichit de cinq espèces : trois nouvelles espèces (Halomonas halodurans, Halomonas subglaciescola et Halomonas meridiana) et deux nouvelles combinaisons [Halomonas halmophila ("basonyme" Flavobacterium halmophilum) et Halomonas eurihalina ("basonyme" Volcaniella eurihalina)]. En 1996, l’étude des séquences des ARNr 16S montre que les genres Deleya, Halomonas et Halovibrio, ainsi que l’espèce Paracoccus halodenitrificans, forment un unique genre qui, en raison des règles de priorité, doit être appelé Halomonas. Par la suite, de nouvelles espèces ont été décrites et Halomonas marina a été transférée dans le genre Cobetia sous la forme d'une nouvelle combinaison, Cobetia marina. Aussi, à la date du 12 novembre 2002, ce genre renferme 22 espèces (voir le fichier Halomonas in List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature). Le genre Halomonas, dont la description a été modifiée en 1996, rassemble des bacilles à Gram négatif, droits ou incurvés, généralement mobiles (grâce à la présence de flagelles polaires ou d'une ciliature péritriche), aérobies (mais quelques souches sont capables de croître en anaérobiose en présence de nitrates), chimio-organotrophes, modérément halophiles (la croissance est optimale en présence de 0,3 à 2,0 M de NaCl mais certaines souches tolèrent jusqu'à 5,5 M de NaCl). Ce genre se caractérise également par ses quinones respiratoires, par sa composition en acides gras et par la présence, dans son ARNr 16S, de six séquences signatures qui s'ajoutent aux 13 séquences signatures communes aux membres de la famille des Halomonadaceae. Pour Romanenko et al., toutes les espèces du genre Halomonas ne sont pas conformes à la description donnée ci-dessus et, sur la base des caractères phénotypiques et des analyses phylogénétiques, ce genre devrait être scindé en plusieurs genres. Le genre Halomonas intéresse peu la médecine vétérinaire à l’exception de Halomonas aquamarina et, dans une moindre mesure, de Halomonas halocynthiae. La nomenclature de Halomonas halocynthiae a été validement publiée le 11 septembre 2002 pour une unique souche bactérienne isolée des branchies d'une ascidie (Halocynthia aurantium**) récoltée à trois mètres de profondeur dans la mer du Japon, près des côtes de la Russie. Halomonas halocynthiae diffère de la plupart des espèces du genre Halomonas par son immobilité, par la présence d'une capsule et par la présence de fimbriae. Pour Romanenko et al., ces caractéristiques seraient le signe d'une adaptation écologique. Orientation bibliographique DOBSON (S.J.) et FRANZMANN (P.D.) : Unification of the genera Deleya (Baumann et al. 1983), Halomonas (Vreeland et al. 1980), and Halovibrio (Fendrich 1988) and the species Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons 1952) into a single genus, Halomonas, and placement of the genus Zymobacter in the family Halomonadaceae. Int. J. Syst. Bacteriol., 1996, 46, 550-558. FRANZMANN (P.D.), WEHMEYER (U.) et STACKEBRANDT (E.): Halomonadaceae fam. nov., a new family of the class Proteobacteria to accommodate the genera Halomonas and Deleya. Syst. Appl. Microbiol., 1988, 11, 16-19. LEE (I.H.), LEE (Y.S.), KIM (C.H.), KIM (C.R.), HONG (T.), MENZEL (L.), BOO (L.M.), POHL (J.), SHERMAN (M.A.), WARING (A.) et LEHRER (R.I.) : Dicynthaurin: an antimicrobial peptide from hemocytes of the solitary tunicate, Halocynthia aurantium. Biochim. Biophys. Acta, 2001, 1527, 141-148. ROMANENKO (L.A.), KALINOVSKAYA (N.I.) et MIKHAILOV (V.V.) : Taxonomic composition and biological activity of microorganisms associated with a marine ascidian Halocynthia aurantium. Biologiya Morya, Vladivostok, 2001, 27, 334-339 (résumé en anglais disponible sur Internet). ROMANENKO (L.A.), SCHUMANN (P.), ROHDE (M.), MIKHAILOV (V.V.) and STACKEBRANDT (E.): Halomonas halocynthiae sp. nov., isolated from the marine ascidian Halocynthia aurantium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1767-1772. VREELAND (R.H.), LITCHFIELD (C.D.), MARTIN (E.L.) et ELLIOT (E.) : Halomonas elongata, a new genus and species of extremely salt-tolerant bacteria. Int. J. Syst. Bacteriol., 1980, 30, 485-495. * : La famille des Halomonadaceae Outre le genre Halomonas, la famille des Halomonadaceae comprend également les genres Carnimonas, Chromohalobacter et Zymobacter. La classification proposée par le Bergey's Manual inclut également le genre Deleya réduit à son espèce type, Deleya aesta. Pourtant, selon Akagawa et Yamasato, Deleya aesta est un synonyme ultérieur de Alcaligenes aquamarinus, espèce ultérieurement reclassée dans le genre Halomonas. Références : . AKAGAWA (M.) et YAMASATO (K.) : Synonymy of Alcaligenes aquamarinus, Alcaligenes faecalis subsp. homari, and Deleya aesta: Deleya aquamarina comb. nov. as the type species of the genus Deleya. Int. J. Syst. Bacteriol., 1989, 39, 462-466. . EUZÉBY (J.P.) : Classification : Taxons inclus dans les groupes taxonomiques d'un rang hiérarchique supérieur au genre. In : Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire. . GARRITY (G.M.), JOHNSON (K.L.), BELL (J.) et SEARLES (D.B.) : Taxonomic Outline of the Procaryotes. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition, Release 3.0, 2002, Springer-Verlag, New York. DOI: http://dx.doi.org/10.1007/bergeysoutline200210 Retour ** : Halocynthia aurantium . Classification d'après le NCBI Taxonomy Browser : Eukaryota ; Metazoa ; Chordata ; Urochordata ; Ascidiacea ; Stolidobranchia ; Pyuridae ; Halocynthia ; Halocynthia aurantium. . Pour une photographie de cette espèce voir le fichier http://www.zsu.edu.cn/museum/creature/animal/Chordata.htm disponible sur le site du Museum de l'Université Sun Yat-Sen (Chine). . Il est intéressant de remarquer que Halocynthia aurantium synthétise un peptide antibactérien, la dicynthaurine, actif sur des souches de Micrococcus luteus, de Staphylococcus aureus, de Listeria monocytogenes, de Escherichia coli et de Pseudomonas aeruginosa (voir la référence Lee et al. 2001). . Halocynthia aurantium héberge une flore dominée par la présence de souches de Pseudoalteromonas sp. et de Bacillus sp. et dont plusieurs représentants sont doués d'une activité antibactérienne (voir la référence Romanenko et al. 2001).. L'étude de cette flore, ainsi que l'étude de la flore d'autres ascidies, a permis à Romanenko et al. de décrire une nouvelle espèce du genre Pseudoalteromonas, Pseudoalteromonas agarivorans, dont la nomenclature devrait être validement publiée dans un avenir proche (voir Romaenko et al., Pseudoalteromonas agarivorans sp. nov., a novel marine agarolytic bacterium. Int J Syst Evol Microbiol Papers in Press, http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.02234-0). . Un fichier disponible sur Internet (voir http://www.hokudai.ac.jp/pharma/seika/ISOBA/Contents48k.pdf), et consacré au "First International Symposium on the Biology of Ascidians", signale que la firme japonaise Hands & Mind Co. cherche à développer un marché pour Halocynthia aurantium. Les auteurs de ce fichier précisent que cette firme a offert, aux participants du symposium, un repas dont les plats pouvaient être assaisonnés d'une poudre lyophilisée fabriquée à partir de Halocynthia aurantium. Une information similaire figure dans le numéro de novembre 2002 de Microbiology Today (Anonyme: A peach of a new species. Microbiology Today, 2002, 29, 211). On peut donc supposer que cette ascidie aurait un intérêt dans l'alimentation. Retour