Oceanospirillales, halomonadaceae, oceanospirillaceae

Voir aussi les fichiers : . Carnimonas, Carnimonas nigrificans . Halomonas . Halomonas aquamarina . Marinomonas Description de l'ordre des Oceanospirillales L'ordre des Oceanospirillales a été proposé dans la deuxième édition du "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" et cette nomenclature a été validement publiée le 07 novembre 2005 par citation sur la liste de validation 106. Comme c'est le cas pour la très grande majorité des ordres décrits dans le "Bergey's Manual", l'ordre des Oceanospirillales est défini sur la base des séquences des ARNr 16S. Cet ordre rassemble des bactéries à Gram négatif, non sporulées, le plus souvent halophiles ou halotolérantes, mobiles (à l'exception des espèces du genre Alcanivorax), chimio-organotrophes, aérobies ou micro-aérophiles ou aéro-anaérobies. L'ordre des Oceanospirillales est placé dans la classe des Gammaproteobacteria (phylum des "Proteobacteria", domaine ou empire des "Eubacteria" ou des "Bacteria"). Il renferme six familles : Alcanivoracaceae corrig., Hahellaceae, Halomonadaceae, Oleiphilaceae et "Saccharospirillaceae". Seules les familles des Halomonadaceae (Cf. Infra) et des Oceanospirillaceae (Cf. Infra) présentent un intérêt en médecine vétérinaire. La famille des Alcanivoracaceae corrig. est décrite dans la deuxième édition du "Bergey's Manual". Cette famille ne comprend que le genre Alcanivorax (Alcanivorax borkumensis, Alcanivorax dieselolei, Alcanivorax jadensis et Alcanivorax venustensis). La famille des Alcanivoracaceae corrig. rassemble des bacilles droits, de 0,6 à 0,8 µm de diamètre sur 1,6 à 2,5 µm de longueur, immobiles ou mobiles (ciliature multitriche), aérobies ou micro-aérophiles, à métabolisme strictement respiratoire, utilisant les alcanes linéaires comme principale source de carbone et d'énergie, halophiles, capables de croître sur des milieux contenant 0,5 à 12 p. cent de NaCl. Les Alcanivorax spp. sont isolés de l'eau de mer, du pétrole et de divers hydrocarbures. Les Alcanivorax spp. jouent un rôle majeur dans les premières étapes de la biodégradation des hydrocarbures marins. La famille des Hahellaceae (genres Hahella et Zooshikella) n'est définie que sur la base des séquences des ARNr 16S. Garrity et al. précisent cependant que cette famille accueille des procaryotes aérobies ou aéro-anaérobies, chimio-organotrophes et halophiles. . Les bactéries du genre Hahella (Hahella chejuensis et Hahella ganghwensis) sont des bacilles droits et mobiles grâce à une ciliature monotriche. Un résultat positif est noté pour les tests oxydase, catalase, culture à 45 °C, acidification des sucres, hydrolyse de la gélatine et hydrolyse de l'esculine. Une réponse négative est obtenue pour les tests indole, VP, production d'hydrogène sulfuré, LDC, ODC, ADH, TDA, ONPG et hydrolyse de l'urée. La réduction des nitrates est positive pour Hahella chejuensis et négative pour Hahella ganghwensis. Hahella chejuensis excrète, en grandes quantités, un polysaccharide qui pourrait être utilisé en tant qu'agent émulsifiant. Les Hahella spp. sont isolées de l'eau de mer. . Zooshikella ganghwensis (unique espèce du genre) est un bacille légèrement incurvé, mobile grâce à une ciliature monotriche, produisant un pigment rouge proche de la prodigiosine de Serratia marcescens, donnant une réponse positive aux tests oxydase, catalase, nitrate réductase (la réduction des nitrates est parfois faiblement positive), ODC, ADH, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse de la lécithine, phosphatase alcaline, phosphatase acide, estérase C4, estérase lipase C8, leucine arylamidase et valine arylamidase. Une réponse négative est obtenue avec les tests LDC, VP, uréase, production d'hydrogène sulfuré, trypsine, chymotrypsine, alpha-galactosidase, bêta-galactosidase, bêta-glucuronidase, bêta-glucosidase, alpha-mannosidase, alpha-fucosidase, hydrolyse de l'esculine, hydrolyse de l'agar, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la caséine, hydrolyse de la cellulose et hydrolyse du Tween 80. Les souches de Zooshikella ganghwensis sont isolées de l'eau de mer. La famille des Oleiphilaceae est réduite au genre Oleiphilus et à l'espèce Oleiphilus messinensis. Oleiphilus messinensis est un bacille court et épais, mobile (ciliature monotriche), halophile, mésophile (croissance à des températures comprises entre 10 et 37 °C), oxydase et catalase positives, réduisant les nitrates en nitrites, donnant une réponse négative aux tests LDC, ODC, ADH, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de l'esculine et hydrolyse de la gélatine. Seuls les hydrocarbures aliphatiques (en C11-C20) sont utilisés comme source de carbone et d'énergie. Après croissance en présence d'hexadécane, les cellules accumulent des inclusions d'hexadécanoate qui peuvent occuper jusqu'à la moitié du volume de la cellule. Oleiphilus messinensis a été isolé d'eau de mer polluée par des hydrocarbures et prélevée sur les côtes de la Sicile. Cette espèce pourrait être utilisée pour lutter contre les pollutions dues aux hydrocarbures. Saccharospirillum impatiens, unique espèce du genre Saccharospirillum et de la famille des "Saccharospirillaceae" est un bacille spiralé, donnant des formes coccoïdes dans les vieilles cultures, mobile grâce à un unique flagelle polaire, possédant des inclusions de poly-bêta-hydroxbutyrate, halophile, cultivant à des températures variant de 2 à 43 °C (la température optimale de croissance est comprise entre 16 et 33 °C), catalase et oxydase positives, réduisant les nitrates en nitrites, capables de croître en anaérobiose en "respirant" les nitrates, non indologène, produisant de l'hydrogène sulfuré, hydrolysant la gélatine et l'ADN. Les souches de Saccharospirillum impatiens ont été isolées du lac Ekho (Vestfold Hills, Antarctique). Description de la famille des Halomonadaceae La famille des Halomonadaceae rassemble des bacilles droits ou incurvés, halophiles ou modérément halophiles, aérobies ou aéro-anaérobies. À l'exception du genre Carnimonas, l'ARNr 16S des représentants de cette famille porte 15 séquences signatures dont la présence d'un résidu cytosine en position 486. Dans la deuxième édition du "Bergey's Manual", la famille est définie uniquement sur la base des séquences des ARNr 16S. La famille des Halomonadaceae est constituée des genres Carnimonas, Chromohalobacter, Cobetia, Halomonas et Zymobacter. Seuls les genres Carnimonas et Halomonas ont un intérêt en biologie vétérinaire. Cobetia marina, unique espèce du genre, est un bacille mobile grâce à la présence de 2 à 5 flagelles polaires, accumulant des inclusions de poly-bêta-hydroxbutyrate, halophile, aérobie, oxydase négative, ne réduisant pas les nitrates en nitrites, arginine dihydrolase négative, n'hydrolysant ni l'amidon ni la gélatine ni le Tween 80. Cobetia marina est isolée de l'environnement marin. Le genre Chromohalobacter (Chromohalobacter canadensis, Chromohalobacter israelensis, Chromohalobacter marismortui, Chromohalobacter salexigens et Chromohalobacter sarecensis) est constitué de bacilles droits ou incurvés, mobiles grâce à une ciliature polaire ou péritriche, halophiles, aérobies, catalase positive, oxydase négative, réduisant le plus souvent les nitrates en nitrites, acidifiant le D-glucose et d'autres sucres, n'hydrolysant ni l'ADN ni l'amidon ni l'esculine ni le Tween 80 ni la tyrosine. À l'exception de Chromohalobacter canadensis (isolé d'un milieu de culture contenant 25 p. cent de NaCl), les espèces du genre Chromohalobacter ont pour habitat la Mer Morte ou des marais salants ou des gisements de sel gemme. Zymobacter palmae (unique espèce du genre) se différencie des autres représentants de la famille car cette bactérie est aéro-anaérobie et elle n'est pas halophile. Toutefois, son ARNr 16S présente les 15 séquences signatures caractéristiques de la famille des Halomonadaceae. Zymobacter palmae est un bacille aux extrémités arrondies, mobile (ciliature péritriche), aéro-anaérobie, catalase positive, oxydase négative, fermentant le glucose en produisant de l'éthanol et du dioxyde de carbone, donnant un réponse positive aux tests RM, VP et alpha-glucosidase, donnant une réponse négative aux tests indole, LDC, ODC, ADH, ONPG, phénylalanine désaminase, hydrolyse de la gélatine et hydrolyse de l'amidon. La production d'éthanol par les bactéries est un phénomène rare et seuls Zymomonas mobilis (unique espèce du genre) et Saccharobacter fermentatus (unique espèce du genre) sont également aptes à produire de l'éthanol. Zymobacter palmae a été isolé d'une boisson obtenue par fermentation de la sève de palmiers. Description de la famille des Oceanospirillaceae La famille des Oceanospirillaceae (genres Balneatrix, Marinomonas, Marinospirillum, Neptunomonas, Oceanobacter, Oceanospirillum, Oleispira, Pseudospirillum et Thalassolituus) n'est définie que sur la base des séquences des ARNr 16S. Garrity et al. précisent cependant que cette famille regroupe des procaryotes aérobies (à l'exception de Neptunomonas naphthovorans), mobiles grâce à des flagelles polaires, ayant pour habitat l'eau douce (Balneatrix alpica) ou l'eau de mer. Seul le genre Marinomonas présente un intérêt en médecine vétérinaire. Balneatrix alpica (unique espèce du genre) a été isolée en 1987 lors d'une épidémie de pneumonies (35 cas) et de méningites (2 cas) survenue dans une station thermale du sud de la France. La désinfection des canalisations d'eau a permis de stopper l'épidémie. Cette espèce se présente sous la forme de bacilles polymorphes, droits ou incurvés, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, non halophile et ne cultivant pas en présence d'une concentration en NaCl supérieure à 1 p. cent, cultivant pour des températures comprises entre 20 et 46 °C, hydrolysant lentement la gélatine, donnant une réponse négative aux tests VP, ONPG, LDC, ODC, ADH, DNase, hydrolyse de l'amidon et réduction du tétrathionate. Le genre Marinospirillum (Marinospirillum alkaliphilum, Marinospirillum insulare, Marinospirillum megaterium et Marinospirillum minutulum) rassemble des bacilles de forme hélicoïdale, mobiles grâce à une ciliature monotriche ou amphitriche, halophiles, très difficiles à différencier des Oceanospirillum spp. Marinospirillum minutulum a été isolé de moules en voie de putréfaction. Son habitat pourrait être la boue ou les sédiments déposés sur les coquilles. L'habitat de Marinospirillum megaterium et de Marinospirillum insulare est inconnu. Ces bactéries sont isolées d'une sauce salée et fermentée utilisée traditionnellement dans les îles Izu (Japon) pour la fabrication des poissons séchés. Marinospirillum alkaliphilum a pour origine les eaux alcalines d'un lac de la Mongolie intérieure. Neptunomonas naphthovorans (unique espèce du genre) se présente sous la forme de bacilles droits ou légèrement incurvés, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, capables de fermenter quelques sucres, catalase et oxydase positives, halophiles et capables de dégrader les hydrocarbures aromatiques polycycliques. Toutes les souches ont pour origine des sédiments marins récoltés dans la baie du Pudget Sound (Etat de Washington, USA). Neptunomonas naphthovorans pourrait être utilisée pour favoriser l'élimination des marées noires et les pollutions consécutives à des dégazages en mer. Oceanobacter kriegii (unique espèce du genre) est un bacille droit, accumulant des inclusions de poly-bêta-hydroxbutyrate, catalase et oxydase positives, réduisant les nitrates en nitrites, mobiles grâce à une ciliature amphitriche, halophile, très difficile à différencier des Oceanospirillum spp. et isolé de l'eau de mer. La systématique du genre Oceanospirillum est relativement complexe (voir le fichier Oceanospirillum in List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature) et il est actuellement réduit à quatre espèces Oceanospirillum beijerinckii, Oceanospirillum linum, Oceanospirillum maris et Oceanospirillum multiglobuliferum. Les Oceanospirillum spp. sont des bacilles de forme hélicoïdale, donnant des formes coccoïdes dans les vieilles cultures, possédant aux deux pôles de la cellule une membrane supplémentaire sous-jacente à la membrane cytoplasmique, accumulant des inclusions de poly-bêta-hydroxbutyrate, mobiles grâce à une ciliature amphitriche, oxydase positive, ne réduisant pas les nitrates en nitrites, halophiles, nécessitant la présence d'eau de mer pour la croissance, non indologènes, n'hydrolysant ni l'amidon ni la caséine ni l'esculine ni l'hippurate. Les Oceanospirillum spp. sont isolés de l'eau de mer, des algues et des coquillages en voie de putréfaction. Oleispira antarctica (unique espèce du genre) se présente sous la forme de bacilles spiralés, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, capables de croître en anaérobiose en "respirant" les nitrates, utilisant les hydrocarbures aliphatiques comme unique source de carbone et d'énergie, psychrotrophes (croissance entre 1 et 25 °C), n'hydrolysant ni l'amidon ni la caséine ni la lécithine ni l'alginate ni l'agar. Oleispira antarctica a été isolée de l'eau de mer en Antarctique et cette espèce pourrait participer à la dépollution des eaux froides contaminées par des hydrocarbures. Pseudospirillum japonicum (unique espèce du genre) est un bacille droit ou incurvé ou en forme de S, mobile (ciliature amphitriche), oxydase positive, catalase variable selon les souches, accumulant des inclusions de poly-bêta-hydroxbutyrate et isolé de moules en voie de putréfaction. Thalassolituus oleivorans (unique espèce du genre) est une bactérie spiralée, mobile (1 à 4 flagelles polaires), halophile, oxydase positive, hydrolysant les Tweens 20, 40 et 80, donnant une réponse négative aux tests nitrate réductase, indole, LDC, ODC, ADH, hydrolyse de l'agar, hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la gélatine et hydrolyse de l'esculine. Thalassolituus oleivorans est isolé de l'eau de mer. Cette espèce utilise les hydrocarbures aliphatiques (en C7-C20) et leurs dérivés oxydés comme unique source de carbone et d'énergie. De ce fait, elle pourrait être utilisée pour la biodégradation des hydrocarbures marins. Orientation bibliographique ARAHAL (D.R.), GARCÍA (M.T.), LUDWIG (W.), SCHLEIFER (K.H.) et VENTOSA (A.) : Transfer of Halomonas canadensis and Halomonas israelensis to the genus Chromohalobacter as Chromohalobacter canadensis comb. nov. and Chromohalobacter israelensis comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1443-1448. 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