Mycobacterium palustre

Créé le 03 octobre 2002

MYCOBACTERIUM PALUSTRE

La nomenclature de Mycobacterium palustre a été proposée pour 13 souches de mycobactéries. Six souches ont pour origine des prélèvements d'eau effectués en Finlande, deux souches proviennent de crachats de patients finlandais, une souche a été isolée en Italie d'une biopsie d'un nœud lymphatique effectuée chez un enfant et deux souches proviennent de nœuds lymphatiques sous-mandibulaires de porcs prélevés dans des abattoirs finlandais.

L'analyse des acides gras permet de détecter quatre acides gras particuliers. Les séquences des régions comprises entre les gènes codant pour les ARNr 16S et 23S (séquence ITS 1, Internal Transcribed Spacer) et les séquences des ARNr 16S des treize souches sont identiques. Une analyse phylogénétique révèle une parenté avec Mycobacterium sp. souche IWGMT 90210* (les séquences des ARNr 16S diffèrent par seulement 2 nucléotides) et avec la souche type de Mycobacterium kubicae. Les caractères phénotypiques permettent une identification des souches et, le 11 septembre 2002, Torkko et al. valident la nomenclature de Mycobacterium palustre.

Mycobacterium palustre est une mycobactérie non responsable de tuberculose (MAMT pour mycobactéries autres que les mycobactéries de la tuberculose) que l'on peut considérer comme appartenant au groupe II de la classification de Runyon** (mycobactéries scotochromogènes à croissance lente) bien que 85 p. cent des souches soient également photochromogènes à 42 °C.

Mycobacterium palustre présente les caractères généraux de la famille des Mycobacteriaceae*** et du genre Mycobacterium****.
. Un caractère positif est obtenu pour les tests uréase, pyrazinamidase, phosphatase acide et hydrolyse du Tween 80.
. Les tests catalase semi-quantitative (hauteur de mousse égale ou supérieure à 45 mm), alpha-galactosidase et bêta-galactosidase sont négatifs.
. La synthèse d'une nitrate réductase ou d'une phosphatase alcaline est variable selon les souches.
. Sur des milieux à l'œuf, la culture est visible après 2 à 3 semaines d'incubation à 36 °C et la taille maximale des colonies est obtenue en 4 semaines. Sur gélose de Middlebrook, les colonies sont plus grandes que sur des milieux à l'œuf et leur diamètre atteint 1 à 1,5 mm après 4 semaines d'incubation. La croissance est possible pour des températures comprises entre 30 et 42 °C et elle semble optimale pour une température de 36 °C. À condition d'utiliser un inoculum important, une culture est observée en 5 à 6 semaines sur une gélose de Middlebrook incubée à 45 °C.
Les colonies (milieu à l'œuf ou gélose de Middlebrook) sont lisses et elles se pigmentent en jaune pâle ou en jaune lorsque l'incubation est effectuée à 36 °C à l'abri de la lumière (colonies scotochromogène). Onze des treize souches sont également photochromogènes après incubation à 42 °C.
. Quelques caractères culturaux et biochimiques permettant de différencier Mycobacterium palustre de quelques espèces du genre Mycobacterium à croissance lente et dont au moins 90 p. cent des souches sont aptes à croître à 42 °C sont donnés dans le tableau I. Mycobacterium kubicae, espèce phylogénétiquement proche de Mycobacterium palustre, ne cultive pas à 42 °C, elle donne une réponse positive au test catalase semi-quantitative et elle est uréase négative.

Les huit souches isolées de l'eau et les deux souches isolées du porc donnent une réaction faussement positive avec la sonde Accuprobe® (Gen-Probe) permettant l'identification des souches du complexe Mycobacterium avium. Le test est toutefois négatif lorsque l'on utilise les sondes Accuprobe® spécifiques de Mycobacterium avium subsp. avium et de Mycobacterium intracellulare. En revanche, si Mycobacterium palustre est identifié au niveau du genre par les sondes Inno-Lipa^TM (Immunogenetics), elle n'est pas détectée par les sondes spécifiques de sept espèces de MAMT (Mycobacterium avium, Mycobacterium chelonae, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium gordonae, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium scrofulaceum et Mycobacterium xenopi).
Les différences obtenues entre l'utilisation du test Accuprobe® et l'utilisation du test Inno-Lipa^TM pourrait s'expliquer par la nature des séquences reconnues : ADNr 16S pour le test Accuprobe® et ITS pour le test Inno-Lipa^TM.

Les huit souches provenant du milieu extérieur appartiennent à une collection de 52 souches du genre Mycobacterium isolées en juin et juillet 1990 de 53 échantillons d'eau prélevés en Finlande (bande de 550 km de longueur située à 63° de latitude Nord). Sept des souches ont été isolées d'eaux riches en matières organiques, dont le pH varie 5,6 à 5,9 et drainant des régions couvertes à plus de 60 p. cent par des tourbières. La huitième souche a pour origine un échantillon d'eau prélevé dans une zone où les tourbières ne représentent que 20 p. cent de la surface.
Six de ces huit souches n'ont pu être isolées que sur des milieux à l'œuf (enrichis en glycérol ou en pyruvate) dont le pH était ajusté à 5,5.

Une des souches d'origine humaine a été responsable d'une adénite cervicale chez une fillette âgée de 4 ans. L'enfant infecté présentait une hypertrophie de la région sous-mandibulaire droite accompagnée d'une douleur au niveau d'un nœud lymphatique. Le test tuberculinique était positif et, en dépit d'un traitement à base de plusieurs antibiotiques (dont l'isoniazide et la rifampicine), la lésion laissait écouler un pus de couleur jaunâtre. Des bacilles acido-alcoolo-résistants étaient visibles à l'examen microscopique d'une biopsie du nœud lymphatique et la souche bactérienne a été isolée après deux semaines de culture dans le milieu liquide Bactec 12B (Becton Dickinson). L'exérèse chirurgicale du nœud lymphatique a permis d'obtenir une guérison sans récidive.
Le pouvoir pathogène des deux autres souches d'origine humaine est incertain car elles ont été isolées de crachats de patients âgés et l'une des souches était associée à ¤ Mycobacterium bohemicum. Lors de l'isolement, l'une des deux souches n'a pu être cultivée que dans le système MGIT 960 (Mycobacteria Growth Indicator Tube ; Becton Dickinson).

Les deux souches isolées du porc ont été identifiées à la faveur de l'inspection sanitaire des carcasses qui avait révélé des lésions des nœuds lymphatiques. Aucun rapport ne faisait état de signes cliniques observés du vivant des animaux et le pouvoir pathogène pour le porc est incertain. Il est possible que la faible durée de vie des porcs charcutiers n'ait pas permis l'apparition de symptômes.

Site Web : Tuberculose. Techniques de diagnostic en mycobactériologie (Michel Fabre, Frédéric Augu & Stéphane Lecaudey)

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