Mycobacterium pinnipedii

Créé le 12 septembre 2003

MYCOBACTERIUM PINNIPEDII

Dénomination vernaculaire : Dans les textes rédigés en anglais, Mycobacterium pinnipedii est souvent désigné par les termes de "seal bacillus".

 
Le genre Mycobacterium est l'unique genre de la famille des Mycobacteriaceae¹ et, au sein de ce genre, les espèces Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, ¤ Mycobacterium caprae, "Mycobacterium canettii"², Mycobacterium microti et Mycobacterium tuberculosis sont responsables de tuberculoses chez l'homme et/ou l'animal. Les études d'hybridation ADN-ADN, l'étude du polymorphisme électrophorétique des iso-enzymes, le séquençage des ARNr 16S et 23S, le séquençage des séquences intergéniques ADNr 16S-ADNr 23S, le séquençage des gènes codant pour la protéine du choc thermique Hsp65, le séquençage des gènes rpoB, katG, rpsL, gyrA et dnaJ, l'électrophorèse des protéines cellulaires et l'analyse des fragments de restriction obtenus avec EcoRI (technique RFEL dans laquelle les fragments sont marqués au ³²P) montrent que ces quatre espèces constituent en fait une unique genomospecies (pour la définition d'une genomospecies voir le fichier Définitions d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne). Tous ces taxons devraient donc être considérés comme des sous-espèces (ou des biovars) d'une unique espèce qui, en raison des règles de priorité, devrait être appelée Mycobacterium tuberculosis. Toutefois, pour des raisons essentiellement liées à leur importance médicale et vétérinaire (le pouvoir pathogène et le spectre d'hôtes de ces espèces ne sont pas identiques), aucune proposition formelle n'a été faite et les noms de Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, ¤ Mycobacterium caprae, Mycobacterium microti et Mycobacterium tuberculosis conservent un statut dans la nomenclature. Ces taxons sont fréquemment rassemblés sous la dénomination de mycobactéries du "complexe Mycobacterium tuberculosis" ou de "bacilles de la tuberculose". L'évolution supposée des taxons placés dans le "complexe Mycobacterium tuberculosis" figure dans la note infrapaginale n° 3.

À partir des années 1986, des cas de tuberculose ont été observés en Australie, en Nouvelle-Zélande, en Uruguay et en Argentine chez des pinnipèdes sauvages de la famille des Otariidae : Arctocephalus australis⁴ (otarie à fourrure d'Amérique du Sud), Arctocephalus forsteri⁵ (otarie à fourrure de Nouvelle-Zélande), Arctocephalus pusillus doriferus⁶ (otarie à fourrure d'Australie), Arctocephalus tropicalis⁷ (otarie à fourrure de l'île Amsterdam), Neophoca cinerea⁸ (lion de mer d'Australie) et Otaria flavescens ou Otaria byronia⁹ ( lion de mer austral ou lion de mer d'Amérique du Sud).
Des cas de tuberculose ont également été diagnostiqués chez des animaux élevés en captivité en Australie (Neophoca cinerea, Arctocephalus forsteri), en Uruguay (Otaria flavescens ou Otaria byronia) et au Royaume-Uni (Arctocephalus australis).
Les examens bactériologiques permettaient de mettre en évidence des souches de mycobactéries appartenant au "complexe Mycobacterium tuberculosis". Même si quelques études permettaient de rapprocher ces souches de Mycobacterium bovis, la majorité des auteurs soulignaient que les souches isolées des pinnipèdes formaient un groupe distinct au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis".
Des souches de Mycobacterium sp., très proches ou identiques aux souches isolées des pinnipèdes, ont été mises en évidence chez un tapir terrestre (Tapirus terrestris¹⁰) élevé en captivité au Royaume-Uni et vivant dans un enclos proche du bassin des otaries, chez un bovin néo-zélandais et chez un dresseur d'otaries.

La souche isolée de l'homme, la souche isolée d'un bovin, la souche isolée d'un tapir et 34 souches isolées de pinnipèdes ont été analysées par Cousins et al. et comparées à d'autres souches du "complexe Mycobacterium tuberculosis". Il est très surprenant de remarquer que les souches de Mycobacterium africanum, de Mycobacterium bovis et de Mycobacterium tuberculosis, utilisées par ces auteurs, ne sont pas les souches types de ces taxons !
. L'étude des acides mycoliques, des séquences des gènes gyrA, des séquences des gènes katG et des séquences des ARNr 16S permettent de confirmer que les 37 souches appartiennent bien au "complexe Mycobacterium tuberculosis".
. Les résultats de la FAFLP¹¹ (Fluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism) utilisant les enzymes de restriction EcoRI et MseI, du spoligotypage¹² et du séquençage des gènes mtp40, pncA et oxyr montrent que ces souches forment un groupe unique au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis".
. En dépit de la présence du gène codant pour la protéine MPB70¹³, aucune des 37 souches n'excrète l'antigène MPB70 (recherche effectuée à l'aide d'une technique immuno-enzymatique).
. Compte tenu de leur habitat naturel, de leurs caractères génétiques et de leurs caractères phénotypiques, Cousins et al. proposent la dénomination de Mycobacterium pinnipedii qui sera validement publiée le 12 septembre 2003.

Les travaux de Brosch et al. confirment que Mycobacterium pinnipedii constitue un taxon particulier au sein du "complexe Mycobacterium tuberculosis". En effet, par comparaison avec Mycobacterium tuberculosis, le génome des souches isolées des pinnipèdes se caractérise par la délétion des séquences RD7, RD8, RD9, RD10 et RD^seal (RD pour Regions of Difference).

Les résultats obtenus par la technique FAFLP ainsi que l'étude des spoligotypes suggèrent que les souches de Mycobacterium pinnipedii ont une origine clonale.

La description de Mycobacterium pinnipedii, telle qu'elle est donnée par Cousins et al., ne respecte pas les recommandations édictées en 1992 par le "Sous-comité de taxonomie du genre Mycobacterium"¹⁴.

Les souches de Mycobacterium pinnipedii présentent les caractères du genre Mycobacterium¹⁵. Elles rassemblent des bacilles acido-alcoolo-résistants, non sporulés, immobiles, pouvant former des "cordes" peu serrées (le terme de "corde" désigne des bacilles groupés en amas allongés et torsadés).

La croissance est favorisée par le pyruvate de sodium et elle est généralement observée après 3 à 6 semaines sur des milieux à l'œuf incubés à 36 ou 37 °C. Les colonies sont dysgoniques, rugueuses, plates, non photochromogènes.

Mycobacterium pinnipedii ne réduit pas les nitrates et n'accumule pas de niacine (quelques souches donnent cependant un résultat faiblement ou moyennement positif). Il est sensible à 50 µg/mL de PZA (pyrazinamide et à 1 µg/mL de TCH (hydrazide de l'acide thiophène-2-carboxylique) à l'exception des souches isolées de Nouvelle-Zélande (ces souches sont toutefois sensibles à 10 µg/mL de TCH).

Toutes les souches hébergent les séquences génétiques IS6110, IS1081, mtp40 et MPB70 (la protéine MPB70 n'est toutefois pas détectée). Le codon 57 du gène pncA code pour une histidine et la base en position 285 du gène oxyR est une guanine.

Quelques caractères permettant de différencier Mycobacterium pinnipedii des autres taxons inclus dans le "complexe Mycobacterium tuberculosis" figurent dans le tableau I.

Mycobacterium pinnipedii est responsable de tuberculoses chez les pinnipèdes. Les animaux sauvages infectés sont fréquemment retrouvés morts sur les plages. Lorsque l'état clinique des animaux peut être observé, on note généralement une anorexie, une perte de poids, de la toux et des difficultés respiratoires.
A l'autopsie les animaux présentent des lésions granulomateuses, de couleur blanche, localisées sur les poumons et sur les nœuds lymphatiques associés. Ces granulomes sont parfois présents sur le foie et sur les nœuds lymphatiques mésentériques.

Le spectre d'hôtes de Mycobacterium pinnipedii semble vaste puisque des cas d'infection ont été décrits chez un homme (tuberculose pulmonaire chez un dresseur d'otaries australien), un tapir (élevé en captivité à proximité d'un bassin d'otaries) et un bovin néo-zélandais.

Expérimentalement, l'inoculation de Mycobacterium pinnipedii au cobaye et au lapin provoque la mort des animaux en six semaines.

Après décontamination des prélèvements à la soude (méthode de Petroff), les prélèvements sont ensemencés sur un milieu de Löwenstein-Jensen modifié (remplacement du glycérol par du pyruvate de sodium) et sur un milieu de Stonebrink¹⁶ incubés à 37 °C. Lors de l'isolement, la culture est toujours lente et n'apparaît qu'au bout de 4 à 8 semaines.

Le diagnostic de genre est facile mais le diagnostic d'espèce n'est pas à la portée de tous les laboratoires (voir tableau I). La souche devra être confiée à un laboratoire spécialisé dans l'étude des mycobactéries et tout particulièrement dans l'étude des bacilles tuberculeux.
De plus, il convient de rappeler que Mycobacterium pinnipedii est l'agent d'une zoonose et que cette espèce sera probablement placée dans la catégorie des germes présentant un niveau de risque 3 (voir le fichier ¤ "Classification des bactéries en fonction du risque d'infection pour l'homme"), ce qui rend nécessaire l'envoi des souches à un laboratoire de référence.

La sensibilité aux antibiotiques a été testée en utilisant le système MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube, Becton Dickinson). Le système MGIT utilise des tubes contenant un bouillon de Middlebroock 7H9 et un marqueur dont la fluorescence est inhibée par l'oxygène. La croissance des mycobactéries conduit à une consommation de l'oxygène et à l'apparition d'une fluorescence détectée par un automate.

Les résultats obtenus avec 11 souches montrent que Mycobacterium pinnipedii est sensible à l'isoniazide, à la rifampicine, à la streptomycine, à l'éthambutol et à l'acide para-aminosalicylique.

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