Vibrio lentus

En 1994, Ortigosa et al. ont publié une étude de taxonomie numérique portant sur 271 souches bactériennes appartenant à la famille des Vibrionaceae et isolées d'huîtres vivant sur les côtes méditerranéennes au sud de la région de Valence (Espagne). Les résultats ont permis d'identifier plusieurs taxons déjà décrits* ainsi que des phénons non encore caractérisés. C'est ainsi que 25 souches, phénotypiquement proches de Vibrio splendidus, ont été placées par Ortigosa et al. dans le phénon 2. Douze de ces souches ont fait l'objet d'études complémentaires dont les résultats ont conduit à proposer la description d'une nouvelle espèce, Vibrio lentus. L'analyse des ribotypes montre que ces 12 souches forment un groupe homogène et les hybridations ADN - ADN permettent de les placer au sein d'une même genomospecies**. Les analyses phylogénétiques révèlent une parenté importante avec Vibrio splendidus. Ainsi, les pourcentages d'homologie obtenus (étude des ARNr 16S et 23S) sont toujours supérieurs ou égaux à 98 entre la souche 4OM4 (future souche type de Vibrio lentus) et la souche type de Vibrio splendidus ou entre la souche 4OM4 et la souche de Vibrio splendidus ATCC 33870***. Toutefois, les hybridations ADN - ADN montrent que les pourcentages d'homologie entre la souche 4OM4 et la souche type ou la souche ATCC 33870 de Vibrio splendidus sont, respectivement, de 59 (avec une instabilité thermique des hybrides de 7 °C) ou de 48 (avec une instabilité thermique des hybrides de 9,7 °C). Les souches peuvent être facilement identifiées et, en accord avec les recommandations du "Committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics", Macián et al. valident, en juillet 2001, la nomenclature de Vibrio lentus. Les souches de Vibrio lentus sont constituées de bacilles à Gram négatif, de 1,5 à 3,0 µm de longueur sur 0,8 à 1,0 µm de diamètre, mobiles grâce à un unique flagelle polaire, aéro-anaérobies, fermentant le glucose sans gaz, oxydase, catalase et nitrate réductase positives et possédant un G + C p. cent de 44 (les différentes espèces du genre Vibrio possèdent un G + C p. cent compris entre 39 et 50). . Les 12 souches résistent au composé vibriostatique O129 (disque chargé à 150 µg) ce qui est un caractère inhabituel pour une espèce du genre Vibrio. . Une réponse positive est obtenue pour les tests hydrolyse de l'amidon, hydrolyse de la gélatine, hydrolyse du Tween 80, acidification du cellobiose, du D-galactose, du D-glucose, du maltose, du D-mannitol, du D-mannose, du mélibiose et du D-tréhalose. . Une réponse négative est notée pour les tests LDC, ODC, VP, acidification de l'adonitol, du L-arabinose, de l'érythritol, du D-galacturonate, de l'alpha-méthyl-D-glucopyranoside, du m-inositol, du L-rhamnose, du D-raffinose, du saccharose, de la salicine, du sorbitol et du D-xylose. . La production d'indole, l'hydrolyse de la caséine, l'hydrolyse de l'alginate de sodium, l'hydrolyse de l'ADN et l'assimilation de nombreux substrats**** sont des caractères variables selon les souches. . La réponse au test arginine di-hydrolase est fonction de la technique utilisée. Avec la technique de Thornley modifiée par Baumann et Baumann, la réponse est positive alors qu'avec la technique classique de Møller elle est négative*****. Ce type de réponse n'est pas propre à Vibrio lentus et il a été également observé avec des souches du biovar 1 de Vibrio splendidus, avec Vibrio mediterranei, Vibrio mytili, Vibrio orientalis et Vibrio tubiashii. Selon Macián et al. (1996), le glucose ajouté au milieu de Møller inhiberait l'activité ou réprimerait la synthèse d'arginine di-hydrolase. Vibrio lentus est une bactérie halophile, capable de croître en présence de 6 p. cent de NaCl, capable de cultiver entre 4 et 30 °C mais ne cultivant pas à des températures égales ou supérieures à 37 °C. Après 24 heures d'incubation à 22 °C, les colonies obtenues sur le milieu Marine Agar sont rondes, opaques, non pigmentées, non luminescentes et leur diamètre, toujours inférieur à 1 mm, est généralement compris entre 0,3 et 0,5 mm. Quelques souches ne donnent pas de colonies visibles en 24 heures et il faut parfois attendre 3 jours pour obtenir des colonies de 0,2 mm de diamètre. Sur gélose TCBS****** les colonies ont une couleur verdâtre (absence d'acidification du saccharose). À l'exception de Vibrio aerogenes, la résistance à 150 µg de O129 permet de distinguer Vibrio lentus de nombreuses autres espèces du genre Vibrio incapables de décarboxyler la lysine et l'ornithine. Vibrio aerogenes se différencie de Vibrio lentus car c'est une espèce oxydase négative et capable d'acidifier le saccharose, le xylose et le tréhalose. De plus, contrairement à Vibrio lentus, Vibrio aerogenes assimile le L-arabinose, le m-inositol, le saccharose et le D-xylose. La sensibilité au O129 n'est pas indiquée pour Vibrio cyclitrophicus, espèce décrite en 2001 et non incluse dans l'article de Macián et al. Toutefois, Vibrio cyclitrophicus ne réduit pas les nitrates en nitrites, il acidifie le saccharose et il cultive à 37 °C. Toutes les souches de Vibrio lentus, isolées par Ortigosa et al., proviennent d'huîtres méditerranéennes. Aucun pouvoir pathogène n'a été décrit pour cette espèce. Orientation bibliographique HEDLUND (B.P.) and STALEY (J.T.): Vibrio cyclotrophicus sp. nov., a polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH)-degrading marine bacterium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 61-66. MACIÁN (M.C.), GARAY (E.) et PUJALTE (M.J.) : The arginine dihydrolase (ADH) system in the identification of some marine Vibrio species. Syst. Appl. Microbiol., 1996, 19, 451-456. MACIÁN (M.C.), LUDWIG (W.), AZNAR (R.), GRIMONT (P.A.D.), SCHLEIFER (K.H.), GARAY (E.) and PUJALTE (M.J.): Vibrio lentus sp. nov., isolated from Mediterranean oysters. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1449-1456. ORTIGOSA (M.), GARAY (E.) et PUJALTE (M.J.) : Numerical taxonomy of Vibrionaceae isolated from oysters and seawater along an annual cycle. Syst. Appl. Microbiol., 1994, 17, 216-225. WAYNE (L.G.), BRENNER (D.J.), COLWELL (R.R.), GRIMONT (P.A.D.), KANDLER (O.), KRICHEVSKY (M.I.), MOORE (L.H.), MOORE (W.E.C.), MURRAY (R.G.E.), STACKEBRANDT (E.), STARR (M.P.) et TRUPER (H.G.) : Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics. Int. J. Syst. Bacteriol., 1987, 37, 463-464. * Listonella pelagia, Photobacterium damselae subsp. damselae, Vibrio alginolyticus, Vibrio fischeri, Vibrio harveyi, Vibrio mediterranei, Vibrio orientalis, Vibrio splendidus (souches du biovar 1), Vibrio tubiashii. Retour ** Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne : Une genomospecies est définie comme l'ensemble des souches présentant, dans les conditions optimales de réassociation (55 °C), un pourcentage d'homologie ADN - ADN supérieur à 70 avec une instabilité thermique des hybrides inférieure à 5 °C. Lorsqu'une genomospecies peut être identifiée par ses caractères phénotypiques, elle reçoit un nom et devient une espèce. En revanche, si aucun caractère phénotypique ne permet d'identifier facilement la genomospecies, elle demeure innomée. Le terme de "genomospecies" a été proposé par Brenner et al. en 1993 pour remplacer le terme de "genospecies" préalablement utilisé (voir : Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 645-658.). Genomospecies est un synonyme de "espèce génomique" et de "genomovar". Le suffixe "var" est généralement utilisé pour des taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (biovar, pathovar, sérovar...) si bien que le nom de "genomovar" ne semble pas judicieux. Retour *** : L'espèce Vibrio splendidus est subdivisée en deux biovars. La souche type (ATCC 33125 = NCMB 1) appartient au biovar 1 alors que la souche ATCC 33870 appartient au biovar 2. Retour **** Toutefois, aucune souche n'est capable d'assimiler le gamma-aminobutyrate, l'amygdaline, le L-arabinose, la L-arginine, le D-galacturonate, la glucosamine, le DL-glycérate, le p-hydroxybenzoate, le DL-bêta-hydroxybutyrate, le m-inositol, le lactose, la L-leucine, la L-lysine, le D-mélibiose, le méthanol, la L-ornithine, le propionate, la putrescine, le D-raffinose, le L-rhamnose, la salicine, le D-saccharate, le saccharose, la sarcosine, le D-sorbitol, la L-tyrosine ou le D-xylose. Retour ***** Les descriptions détaillées de la technique de Thornley modifiée et de la technique de Møller figurent dans l'article suivant : MACIÁN (M.C.), GARAY (E.) et PUJALTE (M.J.) : The arginine dihydrolase (ADH) system in the identification of some marine Vibrio species. Syst. Appl. Microbiol., 1996, 19, 451-456. Retour ****** Gélose TCBS : Thiosulfate Citrate Bile salt Sucrose Extraits de levure : 0,5 p. cent (poids/volume) Peptone : 1,0 p. cent (poids/volume) Thiosulfate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume) Citrate de sodium : 1,0 p. cent (poids/volume) Bile de bœuf : 0,8 p. cent (poids/volume) Saccharose : 2,0 p. cent (poids/volume) NaCl : 1,0 p. cent (poids/volume) Citrate de fer : : 0,1 p. cent (poids/volume) Bleu de bromothymol : 0,004 p. cent (poids/volume) Bleu de thymol : 0,004 p. cent (poids/volume) Agar : 1,4 p. cent (poids/volume) pH : 8,6 Porter à ébullition pour dissoudre les ingrédients. Ne pas autoclaver. Retour