Bartonella capreoli

Voir aussi le fichier Bartonella. Systématique La nomenclature de Bartonella capreoli a été validement publiée le 11 mars 2002 par Bermond et al. pour deux souches bactérienne isolées du sang de chevreuils (Capreolus capreolus) capturés dans la forêt de Chizé. Ces souches possèdent les caractères phénotypiques du genre Bartonella et les séquences de leurs ARNr 16S sont identiques. Ces séquences présentent 97,7 à 99,4 p. cent d'homologie avec les ARNr 16S des souches types de 16 autres espèces ou sous-espèces de Bartonella sp*. L'appartenance au genre Bartonella est confirmée par l'analyse des séquence de 1000 bp du gène gltA (codant pour la citrate synthétase) qui sont identiques pour les deux souches et qui présentent entre 85,2 et 98,1 p. cent d'homologie avec les 16 autres souches types incluses dans l'analyse phylogénétique. Les études d'hybridation ADN-ADN, montrent que les deux souches présentent 90 p. cent d'homologie et qu'elles constituent une genomospecies distincte**. En effet, les hybridations réalisées en utilisant la souche IBS 193 = CIP 106691 = CCUG 43827 (qui sera désignée comme la souche type de Bartonella capreoli) révèlent un pourcentage d'homologie de 53 avec la souche type de Bartonella schoenbuchensis, de 48 avec la souche type de Bartonella bovis et des pourcentages d'homologie inférieurs à 40 vis-à-vis des souches types des autres espèces et sous-espèces. Caractères bactériologiques Bartonella capreoli est un cocco-bacille à Gram négatif, d'environ 0,8 mm de diamètre sur 1,6 µm de longueur, présentant de multiples flagelles polaires, aérobie, oxydase et catalase négatives. Les caractères biochimiques ont été étudiés en utilisant des kits MicroScan® Rapid Anaerobe Panel*** (Dade International) et des tablettes Rosco Diagnostica [VP, hydrolyse de la tributyrine, proline aminopeptidase, pyrazinamidase et activité peptidasique vis-à-vis de la benzoyl-arginine-bêta-naphtylamide (activité trypsine-like)]. Comme pour les autres bartonelles, les caractères biochimiques présentent peu d'intérêt pour l'identification ce qui explique certainement l'omission de certains résultats dans la publication de Bermond et al. . Une réponse positive est notée pour les tests acidification du tréhalose, hydrolyse de la N-acétyl-bêta-D-glucosaminide, hydrolyse du bis-p-nitrophényl-phosphate, arginine-arylamidase, lysine-arylamidase (acide et alcaline), glycine-arylamidase, leucine-arylamidase, méthionine-arylamidase, proline-arylamidase, tryptophane-arylamidase, glycylglycylarylamidase et activité trypsine-like. . Un résultat négatif est obtenu pour les tests VP, uréase et pyrrolidonyl-arylamidase. Comme pour les autres Bartonella sp., la primoculture de Bartonella capreoli est longue et nécessite 10 jours d'incubation. Lors des repiquages, la culture est plus rapide et des colonies sont visibles en six jours. Sur une gélose Columbia enrichie de 5 p. cent de sang de lapin défibriné, incubée à 35 °C en atmosphère humide et en présence de 5 p. cent de dioxyde de carbone, les colonies sont lisses, grisâtres ou verdâtres, à contour régulier et leur diamètre varie de 0,5 à 1,2 mm. Habitat et pouvoir pathogène Après Bartonella schoenbuchensis, Bartonella capreoli est la deuxième espèces du genre Bartonella caractérisée chez des cervidés sauvages. La publication de Bermond et al. ne précise pas l'état de santé des animaux ce qui laisse supposer que les chevreuils étaient en apparente bonne santé. D'une manière générale, le taux d'infection par diverses espèces du genre Bartonella semble élevé chez les cervidés sauvages : . Environ 70 p. cent des tiques (Ixodes ricinus) prélevées sur des chevreuils hollandais, 90 p. cent des cerfs mulets (Odocoileus hemionus) de Californie (42 animaux testés) et 15 p. cent des cerfs élaphes (Cervus elaphus) de Californie ou de l'Oregon (100 animaux testés) permettent de mettre en évidence des séquences d'ADN spécifiques des bartonelles. . En 2001, Dehio et al. ont validé la nomenclature de Bartonella schoenbuchensis pour quatre souches de Bartonella sp. isolées du sang de chevreuils (Capreolus capreolus) abattus lors de chasses effectuées dans le Parc Naturel de Schönbuch ou dans le Spitzberg (régions situées dans le sud-ouest de l'Allemagne près de la ville de Tübingen). . En France, les travaux de Heller et al., cités par Bermond et al., montrent également un taux de contamination très élevé chez les chevreuils. Quelques espèces ou sous-espèces du genre Bartonella sont des agents de zoonoses (voir le fichier Bartonella) et il est probable que ce genre renferme d'autres bactéries pathogènes pour l'homme. Dans certains pays, telle que la France, le nombre des cervidés sauvages est en augmentation et les activités liées à la chasse, notamment l'éviscération des animaux à mains nues, pourraient constituer une éventuelle source de contamination pour l'homme. Orientation bibliographique BERMOND (D.), BOULOUIS (H.J.), HELLER (R.), VAN LAERE (G.), MONTEIL (H.), CHOMEL (B.B.), SANDER (A.), DEHIO (C.) et PIÉMONT (Y.) : Bartonella bovis Bermond et al. sp. nov. and Bartonella capreoli sp. nov., isolated from European ruminants. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 383–390. CHANG (C.C.), CHOMEL (B.), KASTEN (R.W.), HELLER (R.), KOCAN (K.M.), UENO (H.), YAMAMOTO (K.), BLEICH (V.C.), PIERCE (B.M.), GONZALES (B.J.), SWIFT (P.K.), BOYCE (W.M.), JANG (S.S.), BOULOUIS (H.J.) et PIÉMONT (Y.) : Bartonella spp. isolated from wild and domestic ruminants in North America. Emerging Infectious Dieseases, 2000, 6, 306-311. DEHIO (C.), LANZ (C.), POHL (R.), BEHRENS (P.), BERMOND (D.), PIÉMONT (Y.), PELZ (K.) et SANDER (A.) : Bartonella schoenbuchii sp. nov., isolated from the blood of wild roe deer. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, 51, 1557-1565. SCHOULS (L.M.), VAN DE POL (I.), RIJPKEMA (S.G.) and SCHOT (C.S.) : Detection and Identification of Ehrlichia, Borrelia burgdorferi sensu lato, and Bartonella species in Dutch Ixodes ricinus ticks. J. Clin. Microbiol., 1999, 37, 2215-2222. * : Les 16 espèces ou sous-espèces incluses dans l'étude de Bermond et al. sont Bartonella alsatica, Bartonella bacilliformis, Bartonella birtlesii, Bartonella bovis, Bartonella clarridgeiae, Bartonella doshiae, Bartonella elizabethae, Bartonella grahamii, Bartonella henselae, Bartonella koehlerae, Bartonella quintana, Bartonella schoenbuchensis, Bartonella taylorii, Bartonella tribocorum, Bartonella vinsonii subsp. arupensis et Bartonella vinsonii subsp. vinsonii L'absence de Bartonella peromysci et de Bartonella talpae s'explique facilement car aucune souche type n'est disponible pour ces deux espèces. En revanche, l'omission de la souche type de Bartonella vinsonii subsp. berkhoffii est plus difficile à comprendre ! Retour ** : Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne Une genomospecies est définie comme l'ensemble des souches présentant, dans les conditions optimales de réassociation (55 °C), un pourcentage d'homologie ADN - ADN supérieur à 70 avec une instabilité thermique des hybrides inférieure à 5 °C. Lorsqu'une genomospecies peut être identifiée par ses caractères phénotypiques, elle reçoit un nom et devient une espèce. En revanche, si aucun caractère phénotypique ne permet d'identifier facilement la genomospecies, elle demeure innomée. Ces définitions, proposées en 1987 par un comité spécialisé de l'ICSP, ont été à nouveau confirmées en 2002. Le terme de "genomospecies" a été proposé par Brenner et al. en 1993 pour remplacer le terme de "genospecies" préalablement utilisé (voir : Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 645-658.). Genomospecies est un synonyme de "espèce génomique" et de "genomovar". Le suffixe "var" est généralement utilisé pour des taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (biovar, pathovar, sérovar...) si bien que le nom de "genomovar" ne semble pas judicieux. Références : . STACKEBRANDT (E.), FREDERIKSEN (W.), GARRITY (G.M.), GRIMONT (P.A.D.), KÄMPFER (P.), MAIDEN (M.C.J.), NESME (X.), ROSSELLO-MORA (R.), SWINGS (J.), TRÜPER (H.G.), VAUTERIN (L.), WARD (A.C.) et WHITMAN (W.B.) : Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1043-1047. . WAYNE (L. G.), BRENNER (D.J.), COLWELL (R.R.), GRIMONT (P.A.D.), KANDLER (O.), KRICHEVSKY (M.I.), MOORE (L.H.), MOORE (W.E.C.), MURRAY (R.G.E.), STACKEBRANDT (E.), STARR (M.P.) et TRÜPER (H.G.): Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics. Int. J. Syst. Bacteriol., 1987, 37, 463-464. Retour *** : Galerie MicroScan® Rapid Anaerobe Panel (d'après la documentation technique MicroScan®, Dade International Inc., West Sacramento, CA 95691, U.S.A.) L'auteur remercie le Vétérinaire Biologiste M. Boni (Secteur Vétérinaire de Marseille) qui lui a transmis la documentation technique MicroScan Rapid Anaerobe Panel. La galerie MicroScan® Rapid Anaerobe Panel a été conçue pour l'identification des bactéries anaérobies mais elle est fréquemment utilisée pour les espèces du genre Bartonella. La galerie comprend 24 substrats déshydratés et elle est inoculée (50 µL par puits) avec une suspension bactérienne dont l'opacité est comprise entre les valeurs 3 et 5 de l'échelle de McFarland. Les tests détectent des enzymes préformées et la croissance du germe n'est pas nécessaire si bien que la galerie est incubée sous une atmosphère normale durant 4 heures à 35 - 37 °C. Après incubation, la lecture repose sur les changements de pH et l'apparition de colorations après adjonction éventuelle de réactifs. Deux cupules de contrôle sont prévues pour faciliter la lecture. Un contrôle au nitrophényl qui doit rester incolore et un contrôle au bêta-naphthylamide qui doit virer au jaune-orange après addition du réactif "peptidase". La liste des 24 substrats ainsi que le principe de la lecture sont donnés dans le tableau ci-dessous : Substrat Réactifs Réaction positive Réaction négative p-nitrophényl-bêta-D-galactopyranoside* p-nitrophényl-alpha-D-galactopyranoside* Bis-p-nitrophényl-phosphate* p-nitrophényl-N-acétyl-bêta-D-glucosaminide* p-nitrophényl-alpha-D-glucopyranoside* o-nitrophényl-bêta-D-glucopyranoside* p-nitrophényl-phosphate* p-nitrophényl-alpha-L-fucopyranoside* p-nitrophényl-alpha-D-mannopyranoside* Aucun. Les résultats doivent être comparés avec celui d'une cupule témoin qui doit être incolore Toute coloration jaune Incolore L-leucine-bêta-naphthylamide** DL-méthionine-bêta-naphthylamide** L-lysine-bêta-naphthylamide (alcaline)** L-lysine-bêta-naphthylamide (acide)** Glycylglycine-bêta-naphthylamide** Glycine-bêta-naphthylamide** L-proline-bêta-naphthylamide** L-arginine-bêta-naphthylamide** L-pyrrolidonyl-bêta-naphthylamide** L-tryptophane-bêta-naphthylamide** Ajouter une goutte du réactif "peptidase". Attendre au moins 30 secondes et au maximum 3 minutes. Les résultats doivent être comparés à celui d'une cupule témoin qui se colore en jaune après addition du réactif. Toute coloration rose à magenta Jaune ou orange 3-indoxyl-phosphate Coloration bleue et précipité bleu Incolore Tréhalose Jaune Orange/rouge Urée (recouvrir avec une à deux gouttes d'huile de paraffine) Rose-rouge Jaune-orange Indole (recouvrir avec une à deux gouttes d'huile de paraffine) Ajouter une goutte de xylène et remuer. Ajouter une goutte de réactif d'Ehrlich. Lire après 2 à 3 minutes. Rouge Jaune clair Nitrate Ajouter une goutte d'acide sulfanilique et une goutte de N,N-diméthyl-alpha-naphthylamine. Lire après 2 à 3 minutes. Rouge Incolore ou rose pâle * : Les substrats d'ortho- ou de para-nitrophényl sont incolores. L'enzyme, lorsqu'elle est présente, hydrolyse le substrat et libère de l'ortho- ou du para-nitrophénol de couleur jaune. ** : Lorsque le substrat est hydrolysé par l'arylamidase appropriée, le bêta-naphthylamide est libéré et détecté par l'addition du réactif "peptidase" qui crée un complexe chimique de coloration rose à pourpre magenta. La recherche de la catalase peut s'effectuer dans la cupule p-nitrophényl-bêta-D-galactopyranoside. En cas de réaction positive, l'adjonction de deux à trois gouttes d'eau oxygénée à 3 p. cent provoque l'apparition de bulles après 2 à 3 minutes. Les tests sont séparés par groupe de trois et une valeur 4, 2 ou 1 est attribuée à chaque test. La valeur 4 est attribuée à une réponse positive notée pour le premier test d'un groupe de trois. La valeur 2 est attribuée à une réponse positive notée pour le deuxième test d'un groupe de trois. La valeur 1 est attribuée à une réponse positive notée pour le troisième test d'un groupe de trois. L'addition des valeurs pour chacun des groupes permet d'obtenir un profil numérique à huit chiffres. Retour