Lactobacillus equi

Le genre Lactobacillus1 renferme plus de 90 espèces ou sous-espèces (voir le fichier "Lactobacillus" in "List of bacterial names with standing in nomenclature") associées aux muqueuses de l'homme et de l'animal et jouant un rôle important dans l'industrie agro-alimentaire (ferments, producteurs d'arômes, probiotiques...) ou dans l'industrie pharmaceutique (préparations visant à maintenir ou à restaurer les flores). La nomenclature de Lactobacillus equi a été validement publiée le 14 janvier 2002 par Morotomi et al. pour 18 souches bactériennes isolées des fèces de chevaux élevés au Japon. Morotomi et al. ont étudiés la flore fécale de 20 chevaux appartenant à 10 élevages différents. Les isolements pratiqués en anaérobiose sur gélose LBS2 ont permis d'obtenir 66 souches de bacilles à Gram positif. Les études d'hybridation ADN - ADN, effectuées avec les souches types de 19 espèces du genre Lactobacillus3 ainsi qu'avec la souche ATCC 334 de Lactobacillus casei, ont montré que l'ADN de 35 souches ne s'hybridait ni avec les souches types utilisées ni avec la souche ATCC 334. Parmi ces 35 souches, 18 forment une unique genomospecies4, identifiable par ces caractères phénotypiques et pour laquelle Morotomi et al. proposent la dénomination de Lactobacillus equi. Les études phylogénétiques (analyse des séquences des ARNr 16S) montrent que Lactobacillus equi est apparentée à Lactobacillus agilis et, dans une moindre mesure, à Lactobacillus ruminis. Les souches de Lactobacillus equi sont constituées de bacilles à Gram positif, immobiles, non sporulés, de 0,6 à 0,8 µm de diamètre sur 1,3 à 3,5 µm de longueur, se présentant de manière isolée ou groupés par deux, aéro-anaérobies, catalase négative, à métabolisme homofermentaire strict (production d'acide D-lactique et L-lactique). En galerie API 50CH (résultats lus après 48 heures d'incubation à 37 °C), une acidification est observée pour l'amygdaline, l'amidon, l'adonitol, le D-arabinose, le D-arabitol, le L-arabitol, le cellobiose, le dulcitol, l'érythritol, le fructose, le D-fucose, le L-fucose, le galactose, le gentiobiose, le gluconate, le 2-cétogluconate, le 5-cétogluconate, le glucose, l'alpha-méthyle-D-glucoside, le glycérol, le glycogène, le D-lyxose, l'inositol, le maltose, l'alpha-méthyle-D-mannoside, le mélézitose, le raffinose, le saccharose, le sorbose, le D-tagatose, le tréhalose, le xylitol, le L-xylose et le bêta-méthyle-xyloside. Une réponse variable est notée pour l'hydrolyse de l'esculine et pour l'acidification de L-arabinose (réponse généralement négative), de l'arbutine (réponse généralement négative), de la N-acétyle-glucosamine, de l'inuline (réponse généralement négative), du mannose, du rhamnose, du ribose, de la salicine (réponse généralement négative), du sorbitol, du D-turanose et du D-xylose (réponse généralement négative). Sur gélose MRS5 incubée à 37 °C, les colonies sont blanches, lisses, convexes et leur diamètre est d'environ 2 mm. La plupart des souches cultive à 45 °C mais non à 15 °C. La production des deux isomères de l'acide lactique, l'absence d'acidification de l'amydaline et l'absence d'acidification du cellobiose permettent de différencier Lactobacillus equi de Lactobacillus agilis et de Lactobacillus ruminis. Orientation bibliographique MOROTOMI (M.), YUKI (N.), KADO (Y.), KUSHIRO (A.), SHIMAZAKI (T.), WATANABE (K.) et YUYAMA (T.) : Lactobacillus equi sp. nov., a predominant intestinal Lactobacillus species of the horse isolated from faeces of healthy horses. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 211-214. Un complément à cet article est disponible uniquement sur Internet : "Supplementary phylogenetic tree" 1 : Le genre Lactobacillus : Le genre Lactobacillus est, quantitativement, le plus important des genres du groupe des bactéries lactiques. Les Lactobacillus sp. sont très hétérogènes et les diverses espèces présentent des caractères phénotypiques, biochimiques et physiologiques variés. Cette hétérogénéité est reflétée par les valeurs des G + C p. cent qui, selon les espèces, varient de 32 à 53. Les souches de lactobacilles sont constituées de bacilles à Gram positif, longs et fins (parfois incurvés) ou de coccobacilles dont la forme évoque une corynébactérie. Ils sont non sporulés, généralement immobiles (pour les souches mobiles, la ciliature est péritriche), micro-aérophiles (mais certaines souches sont anaérobies strictes à l'isolement), catalase négative, généralement nitrate réductase négative, possédant un métabolisme fermentatif (l'acide lactique représente au moins 50 p. cent des produits de fermentation) et présentant des exigences nutritionnelles complexes. En 1919, Orla-Jensen a proposé de diviser le genre en trois sous-genres : "Thermobacterium", "Streptobacterium" et "Betabacterium". Ces nomenclatures n'ont pas été retenues par les Approved Lists of Bacterial Names, elles n'ont pas été validées depuis le premier janvier 1980 et elles n'ont pas de statut dans la nomenclature. La classification de Orla-Jensen ne correspondait à aucune réalité taxonomique toutefois, elle est toujours utilisée en pratique même si les noms des sous-genres sont remplacés par des qualificatifs illustrant les caractéristiques de la fermentation. On distingue ainsi : . Les lactobacilles homofermentaires stricts (ancien sous-genre "Thermobacterium") qui dégradent les hexoses en acide lactique (exclusivement par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof), qui ne dégradent pas les pentoses et qui ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose ou du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires stricts (ancien sous-genre "Betabacterium") qui fermentent les hexoses (voie hétérofermentaire de la 6-phosphogluconate déshydrogénase / phosphocétolase) en acide lactique, acide acétique ou éthanol et CO2 et qui dégradent les pentoses (voie hétérofermentative de la glycéraldéhyde-3-phosphate / pyruvate kinase / lactate déshydrogénase) en acide acétique et en acide lactique. Ces bactéries produisent du CO2 lors de la fermentation du glucose et du gluconate. . Les lactobacilles hétérofermentaires facultatifs (ancien sous-genre "Streptobacterium") qui métabolisent les hexoses en acide lactique par la voie homofermentaire d'Embden Meyerhof et qui dégradent les pentoses par voie hétérofermentaire. Ils ne produisent pas de CO2 lors de la fermentation du glucose mais ils en produisent lors de la fermentation du gluconate. Retour 2 : Composition (pour 1 litre de milieu) de la gélose LBSTM (Lactobacillus Selection agar) : Acétate de sodium, 3H2O : 25,0 g Glucose : 20,0 g Agar : 15,0 g Digestion pancréatique de caséine : 10,0 g KH2PO4 : 6,0 g Extraits de levure : 5,0 g Citrate d'ammonium : 2,0 g Tween 80 : 1,0 g MgSO4 : 0,575 g MnSO4 : 0,12 g FeSO4 : 0,034 g Acide acétique glacial : 1,32 mL Retour 3 : Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus agilis, Lactobacillus amylovorus, Lactobacillus animalis, Lactobacillus brevis, Lactobacillus buchneri, Lactobacillus coryniformis, Lactobacillus crispatus, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus gasseri, Lactobacillus graminis, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus murinus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus ruminis, Lactobacillus salivarius subsp. salicinius, Lactobacillus salivarius subsp. salivarius. Retour 4 : Définition d'une genomospecies et d'une espèce bactérienne : Une genomospecies est définie comme l'ensemble des souches présentant, dans les conditions optimales de réassociation (55 °C), un pourcentage d'homologie ADN - ADN supérieur à 70 avec une instabilité thermique des hybrides inférieure à 5 °C. Lorsqu'une genomospecies peut être identifiée par ses caractères phénotypiques, elle reçoit un nom et devient une espèce. En revanche, si aucun caractère phénotypique ne permet d'identifier facilement la genomospecies, elle demeure innomée. Le terme de "genomospecies" a été proposé par Brenner et al. en 1993 pour remplacer le terme de "genospecies" préalablement utilisé (voir : Int. J. Syst. Bacteriol., 1993, 43, 645-658.). Genomospecies est un synonyme de "espèce génomique" et de "genomovar". Le suffixe "var" est généralement utilisé pour des taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (biovar, pathovar, sérovar...) si bien que le nom de "genomovar" ne semble pas judicieux. Retour 5 : Composition (pour 1 litre de milieu) de la gélose MRS (DeMan, Rogosa et Sharpe) : Glucose : 20,0 g Peptone : 10,0 g Agar : 10,0 g Extraits de viande de bœuf : 8,0 g Acétate de sodium, 3H2O : 5,0 g Extraits de levure : 4,0 g K2HPO4 : 2,0 g Citrate d'ammonium : 2,0 g MgSO4.7H2O : 0,2 g MnSO4.4H2O : 0,05 g Tween 80 : 1,0 mL Retour